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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2prh | ||||||
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タイトル | The structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate dehydrogenase reveal conformational flexibility within the inhibitor binding site | ||||||
要素 | Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / protein inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Walse, B. / Dufe, V.T. / Al-Karadaghi, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: The structures of human dihydroorotate dehydrogenase with and without inhibitor reveal conformational flexibility in the inhibitor and substrate binding sites 著者: Walse, B. / Dufe, V.T. / Svensson, B. / Fritzson, I. / Dahlberg, L. / Khairoullina, A. / Wellmar, U. / Al-Karadaghi, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2prh.cif.gz | 92.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2prh.ent.gz | 68 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2prh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/2prh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/2prh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is a monomer |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39856.535 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminus truncated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: mitochondriaミトコンドリア / 遺伝子: DHODH / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02127, EC: 1.3.99.11 |
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-非ポリマー , 5種, 220分子
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-ORO / |
#4: 化合物 | ChemComp-238 / |
#5: 化合物 | ChemComp-DDQ / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.1M acetate, 1.6-2.4M ammonium sulphate, 30% glycerol, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.092 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.092 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 29077 / Num. obs: 29077 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.18 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 4.61 / Num. unique all: 3134 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1D3G 解像度: 2.4→19.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.93 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.627 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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