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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2por | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PORIN REFINED AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | PORINポリン (タンパク質) | ||||||
キーワード | INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN PORIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Weiss, M.S. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structure of porin refined at 1.8 A resolution. 著者: Weiss, M.S. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Molecular Architecture and Electrostatic Properties of a Bacterial Porin 著者: Weiss, M.S. / Abele, U. / Weckesser, J. / Welte, W. / Schiltz, E. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1991 タイトル: Primary Structure of Porin from Rhodobacter Capsulatus 著者: Schiltz, E. / Kreusch, A. / Nestel, U. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1991 タイトル: The Structure of Porin from Rhodobacter Capsulatus at 1.8 Angstroms Resolution 著者: Weiss, M.S. / Kreusch, A. / Schiltz, E. / Nestel, U. / Welte, W. / Weckesser, J. / Schulz, G.E. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystals of an Integral Membrane Protein Diffracting to 1.8 Angstroms Resolution 著者: Kreusch, A. / Weiss, M.S. / Welte, W. / Weckesser, J. / Schulz, G.E. #5: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Porin from Rhodobacter Capsulatus at 3 Angstroms Resolution 著者: Weiss, M.S. / Wacker, T. / Weckesser, J. / Welte, W. / Schulz, G.E. #6: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989 タイトル: The Structure of Porin from Rhodobacter Capsulatus at 0.6 Nm Resolution 著者: Weiss, M.S. / Wacker, T. / Nestel, U. / Woitzik, D. / Weckesser, J. / Kreutz, W. / Welte, W. / Schulz, G.E. #7: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Porin from Rhodobacter Capsulatus 著者: Nestel, U. / Wacker, T. / Woitzik, D. / Weckesser, J. / Kreutz, W. / Welte, W. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIXTEEN-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIXTEEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED AS A SEVENTEEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2por.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2por.ent.gz | 58.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2por.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/2por ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/2por | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE SIDECHAIN CG, SD, AND CE ATOMS OF RESIDUE MET 13 AND THE SIDECHAIN OF RESIDUE SER 50 HAVE BEEN MODELED WITH TWO ALTERNATE CONFORMATIONS. 2: THE CG1 AND CG2 ATOMS OF RESIDUE VAL 152 HAVE BEEN MODELED WITH THREE ALTERNATE CONFORMATIONS. 3: RESIDUE 545 HAS NOT BEEN UNAMBIGUOUSLY IDENTIFIED. IT HAS BEEN MODELED AS A DETERGENT N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE. 4: THIRTY FOUR DETERGENT FRAGMENTS HAVE BEEN MODELED AS WATERS (SEE REMARK 5) | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31555.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) 参照: UniProt: P31243 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THIRTY FOUR DETERGENT FRAGMENTS HAVE BEEN MODELED AS WATERS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 42823 / % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å 詳細: THE CRYSTALS HAVE FORM *B* AS DESCRIBED IN THE *JRNL* REFERENCE. RESIDUE 545 HAS NOT BEEN UNAMBIGUOUSLY IDENTIFIED. IT HAS BEEN MODELED AS A DETERGENT N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 42851 / Rfactor obs: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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