[日本語] English
万見
- PDB-2pnh: Escherichia coli PriB E39A variant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pnh
タイトルEscherichia coli PriB E39A variant
要素Primosomal replication protein n
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / beta barrel (Βバレル) / OB fold
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication initiation / response to radiation / single-stranded DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal replication protein PriB / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Primosomal replication protein N
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lopper, M.E. / Keck, J.L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: A hand-off mechanism for primosome assembly in replication restart.
著者: Lopper, M. / Boonsombat, R. / Sandler, S.J. / Keck, J.L.
履歴
登録2007年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Primosomal replication protein n
B: Primosomal replication protein n


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3672
ポリマ－23,3672
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.978, 60.685, 66.273
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Primosomal replication protein n


分子量: 11683.435 Da / 分子数: 2 / 変異: E39A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: priB / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07013
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 8% polyethylene glycol 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 10045 / Num. obs: 9302 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Χ2: 2.011 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 725 / Rsym value: 0.438 / Χ2: 1.461 / % possible all: 75.1

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.321 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.784 / Cor.coef. Io to Ic: 0.762
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TXY

1txy


解像度: 2.25→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 21.902 / SU ML: 0.242 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.268
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 425 4.6 %RANDOM
Rwork0.247 ---
all0.248 10045 --
obs0.248 9269 92.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.987 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1472 0 0 43 1515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.9252025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8015186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.54922.58162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2515265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4141512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021094
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5141.5978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83921530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2323579
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.954.5495
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 16 -
Rwork0.259 507 -
obs-523 74.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.529-3.52260.37446.8247-2.62243.101-0.04470.00460.0090.38350.07220.0654-0.2192-0.0399-0.0275-0.3-0.00290.0085-0.36730.0067-0.56486.27727.6123.191
210.3241-3.94740.57377.9064-2.51973.97550.10440.58420.3174-0.1003-0.4926-1.2734-0.0070.13050.3882-0.3816-0.00610.0779-0.38790.1388-0.2624.64326.2317.335
33.49670.4598-1.63393.6601-0.9875.08030.02010.0192-0.27390.0281-0.2311-0.0796-0.1358-0.55680.211-0.1959-0.0046-0.0938-0.2665-0.0469-0.401313.47824.57719.329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3A105 - 131
4X-RAY DIFFRACTION3B105 - 120

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る