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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pjv | ||||||
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タイトル | solution structure of hiv-1 gp41 fusion domain bound to DPC micelle | ||||||
要素 | Envelope glycoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / GP41 / FUSION / MEMBRANE (生体膜) / PROTEIN (タンパク質) / DPC / VIRUS (ウイルス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Li, Y. / Tamm, L.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2007 タイトル: Structure and Plasticity of the Human Immunodeficiency Virus gp41 Fusion Domain in Lipid Micelles and Bilayers. 著者: Li, Y. / Tamm, L.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pjv.cif.gz | 194.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pjv.ent.gz | 135.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pjv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/2pjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/2pjv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2824.347 Da / 分子数: 1 / 断片: 23 N-terminal residues / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: LAVmal / 遺伝子: env / プラスミド: PET31b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P19551, UniProt: A1YNH3*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 38 / 登録したコンフォーマーの数: 38 |