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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pd2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of (ST0148) conserved hypothetical from Sulfolobus Tokodaii Strain7 | ||||||
要素 | Hypothetical protein ST0148仮説 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | Sulphur relay, DsrE/F-like / DsrE/DsrF-like family / DsrEFH-like / DsrEFH-like / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DrsE domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus tokodaii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Rafi, Z.A. / Sekar, K. / Agari, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of (ST0148) conserved hypothetical from Sulfolobus Tokodaii Strain7 著者: Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Rafi, Z.A. / Sekar, K. / Agari, Y. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / Shiro, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pd2.cif.gz | 57.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pd2.ent.gz | 41.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/2pd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/2pd2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1l1sS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12110.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 CONDON PLUS (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q976P3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: oil-batch / pH: 8.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris-HCl, 30% PEG 4000, pH 8.5, OIL-BATCH, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月19日 / 詳細: RH COATED BENT-CYRINDRICAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI-1 1 1 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→40 Å / Num. all: 14722 / Num. obs: 14722 / % possible obs: 98.3 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Num. unique all: 1228 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 82.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1L1S 解像度: 2.06→35.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2098316.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.4387 Å2 / ksol: 0.341476 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→35.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.06→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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