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万見
- PDB-2pcc: CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN ELECTRON TRANSFER PARTNERS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pcc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN ELECTRON TRANSFER PARTNERS, CYTOCHROME C PEROXIDASE AND CYTOCHROME C
要素
  • CYTOCHROME C PEROXIDASEシトクロムcペルオキシダーゼ
  • ISO-1-CYTOCHROME C
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / response to reactive oxygen species ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / シトクロムc / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Cytochrome c-like domain / Peroxidase; domain 1 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 ...Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / シトクロムc / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Cytochrome c-like domain / Peroxidase; domain 1 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / ペルオキシダーゼ / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c isoform 1 / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pelletier, H. / Kraut, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of a complex between electron transfer partners, cytochrome c peroxidase and cytochrome c.
著者: Pelletier, H. / Kraut, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: X-Ray Structures of Recombinant Yeast Cytochrome C Peroxidase and Three Heme-Cleft Mutants Prepared by Site-Directed Mutagenesis
著者: Wang, J. / Mauro, J.M. / Edwards, S.L. / Oatley, S.J. / Fishel, L.A. / Ashford, V.A. / Xuong, N.-H. / Kraut, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: High-Resolution Refinement of Yeast Iso-1-Cytochrome C and Comparisons with Other Eukaryotic Cytochromes C
著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D.
履歴
登録1993年4月14日処理サイト: BNL
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C PEROXIDASE
B: ISO-1-CYTOCHROME C
C: CYTOCHROME C PEROXIDASE
D: ISO-1-CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,34510
ポリマ－91,6874
非ポリマー2,6586
水9,062503
1
A: CYTOCHROME C PEROXIDASE
B: ISO-1-CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1725
ポリマ－45,8432
非ポリマー1,3293
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CYTOCHROME C PEROXIDASE
D: ISO-1-CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1725
ポリマ－45,8432
非ポリマー1,3293
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.400, 118.600, 45.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細CHAINS LABELED A (CCP NUMBER 1) AND B (CYTOCHROME C NUMBER 1) REPRESENT ONE COMPLEX MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT, AND, LIKEWISE, CHAINS LABELED C (CCP NUMBER 2) AND D (CYTOCHROME C NUMBER 2) REPRESENT THE SECOND COMPLEX MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT. WATER MOLECULES NUMBERED 301 TO 554 ARE ASSOCIATED WITH THE FIRST COMPLEX, AND WATER MOLECULES NUMBERED 600 TO 848 ARE ASSOCIATED WITH THE SECOND COMPLEX.

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C PEROXIDASE / シトクロムcペルオキシダーゼ


分子量: 33769.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00431
#2: タンパク質 ISO-1-CYTOCHROME C


分子量: 12073.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00044
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IN ACCORDANCE WITH THE SEQUENCE NUMBERING FOR EUKARYOTIC CYTOCHROMES C, THE SEQUENCE NUMBERING FOR ...IN ACCORDANCE WITH THE SEQUENCE NUMBERING FOR EUKARYOTIC CYTOCHROMES C, THE SEQUENCE NUMBERING FOR THE YEAST CYTOCHROMES C IN THIS STRUCTURE BEGINS WITH -5. THERE IS NO RESIDUE WITH A SEQUENCE NUMBER 0. COORDINATES FOR THE METHYL GROUPS OF THE TRIMETHYLATED LYSINE (RESIDUE 72) ARE INCLUDED IN THE 1YCC ENTRY, BUT THEY ARE NOT INCLUDED HERE DUE TO SIDE CHAIN DISORDER. RESIDUE NUMBER 72 OF THE TWO YEAST ISO-1-CYTOCHROMES C IN THIS STRUCTURE ARE LEFT AS LYSINES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mM1dropKH2PO4
240 mMdithiothreitol1drop
31 mMprotein complex1drop
4150 mM1reservoirNaCl
512-15 %PEG33501reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 37845 / % possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.044

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.167
詳細: THE YEAST CCP USED HERE IS A RECOMBINANT [CALLED CCP(MI) AND EXPRESSED IN E. COLI] WHICH HAS A MET-ILE DIPEPTIDE FUSED TO THE N-TERMINUS. THIS MET-ILE DIPEPTIDE WAS NOT INCLUDED IN THIS ...詳細: THE YEAST CCP USED HERE IS A RECOMBINANT [CALLED CCP(MI) AND EXPRESSED IN E. COLI] WHICH HAS A MET-ILE DIPEPTIDE FUSED TO THE N-TERMINUS. THIS MET-ILE DIPEPTIDE WAS NOT INCLUDED IN THIS STRUCTURE DUE TO DISORDER. THERE WAS UNEXPLAINED ELECTRON DENSITY ABOVE THE HEME IRON INTO WHICH WATER MOLECULES ALONE COULD NOT BE MODELED. AN SO- GROUP, A POSSIBLE DEGRADATION PRODUCT OF DTT, WAS PLACED HERE AND WAS TREATED AS AN INCOMPLETE SULFATE ION DURING REFINEMENT. THIS IS NOT A SULFATE ION. IT IS ONLY CALLED A SULFATE ION FOR SIMPLICITY.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6436 0 176 503 7115
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor obs: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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