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- PDB-2pbw: Crystal Structure of the Ligand-Binding Core of iGluR5 in Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pbw
タイトルCrystal Structure of the Ligand-Binding Core of iGluR5 in Complex with the Partial agonist Domoic Acid at 2.5 A Resolution
要素Glutamate receptor, ionotropic kainate 1グルタミン酸受容体
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Agonist Complex (アゴニスト)
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-aminobutyric acid secretion / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential ...gamma-aminobutyric acid secretion / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / synaptic transmission, GABAergic / glutamate binding / adult behavior / behavioral response to pain / modulation of excitatory postsynaptic potential / 脱分極 / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / SNARE binding / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / establishment of localization in cell / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / postsynaptic density membrane / regulation of synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / presynaptic membrane / nervous system development / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic density / receptor complex / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / 樹状突起 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DOQ / Glutamate receptor ionotropic, kainate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hald, H. / Naur, P. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3- ...タイトル: Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3-(phosphonomethoxy)-4-isoxazolyl]propionic acid.
著者: Hald, H. / Naur, P. / Pickering, D.S. / Sprogoe, D. / Madsen, U. / Timmermann, D.B. / Ahring, P.K. / Liljefors, T. / Schousboe, A. / Egebjerg, J. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the kainate receptor GluR5 ligand-binding core in complex with (S)-glutamate.
著者: Naur, P. / Vestergaard, B. / Skov, L.K. / Egebjerg, J. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of the kainate receptor subunit GluR6 agonist-binding domain complexed with domoic acid.
著者: Nanao, M.H. / Green, T. / Stern-Bach, Y. / Heinemann, S.F. / Choe, S.
#3: ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of the kainate receptor GluR5 ligand binding core dimer with novel GluR5-selective antagonists.
著者: Mayer, M.L. / Ghosal, A. / Dolman, N.P. / Jane, D.E.
履歴
登録2007年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月13日Group: Other
改定 1.42017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence There is a Ala -> Gly sequence conflict at residue 477 in the UniProt database.
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). Authors state the functional receptor is a tetramer built of dimers-of-dimers. However, in the crystal only the dimer is present.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8404
ポリマ－58,2172
非ポリマー6232
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.863, 70.863, 233.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.6361, -0.7716, 0.0053), (-0.7716, 0.6361, 0.0033), (-0.0059, -0.002, -1)-27.6404, -13.3011, 120.8144

-
要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor, ionotropic kainate 1 / グルタミン酸受容体 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5


分子量: 29108.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik1, Glur5 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 / 参照: UniProt: P22756
#2: 化合物 ChemComp-DOQ / (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID / (2S,3S,4S)-3-CARBOXYMETHYL-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-HEXA-1,3-DIENYL]-PYRROLIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / DOMOIC ACID / ドモイン酸 / ドウモイ酸


分子量: 311.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21NO6 / コメント: 神経毒*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG4000, Lithium sulfate, Cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 20832 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 96.8

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.521 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.378 / Cor.coef. Io to Ic: 0.256
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FWO, CHAIN A

1fwo


解像度: 2.5→19.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2593844.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: RESIDUES A1-A3, A252-A257, B1-B3 AND B257 WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1039 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 20703 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.43 Å2 / ksol: 0.354208 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.02 Å20 Å20 Å2
2--4.02 Å20 Å2
3----8.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4001 0 44 317 4362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4842.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 120 4.9 %
Rwork0.256 2310 -
obs--93 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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