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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p9m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of conserved hypothetical protein MJ0922 from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 | ||||||
要素 | Hypothetical protein MJ0922仮説 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / MJ0922 / Methanocaldococcus jannaschii (メタノカルドコックス・ヤンナスキイ) / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / Protein Structure Initiative / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / PSI | ||||||
機能・相同性 | CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein MJ0922 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.59 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, M. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhu, J. / Swindell II, J.T. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Charz, J. ...Zhao, M. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhu, J. / Swindell II, J.T. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Charz, J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of conserved hypothetical protein MJ0922 from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 著者: Zhao, M. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhu, J. / Swindell II, J.T. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Charz, J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p9m.cif.gz | 111.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p9m.ent.gz | 96.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p9m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/2p9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/2p9m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15726.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 生物種: Methanocaldococcus jannaschiiメタノカルドコックス・ヤンナスキイ 株: DSM 2661, JAL-1, JCM 10045, NBRC 100440 / 遺伝子: MJ0922 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q58332 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.3 詳細: USING 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (27.49 mg/ml) AND SOLUTION CONTAINING 27.5% w/v PEG 4000, 0.1 M MES-SODIUM HYDROXIDE, pH 6.3, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9724 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日 / 詳細: ROSENBAUM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 12.6 % / Av σ(I) over netI: 16.7 / 数: 224283 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.65 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 17759 / % possible obs: 99.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 17759 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.6 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 16.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.73 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.59→36.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 30.587 / SU ML: 0.301 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.003 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.576 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→36.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.59→2.656 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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