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- PDB-2p9c: Crystal structure of serine bound G336V mutant of E.coli phosphog... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2p9c | ||||||
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Title | Crystal structure of serine bound G336V mutant of E.coli phosphoglycerate dehydrogenase | ||||||
![]() | D-3-phosphoglycerate dehydrogenase | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity / 2-oxoglutarate reductase / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dey, S. / Sacchettini, J.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Effect of Hinge Mutations on Effector Binding and Domain Rotation in Escherichia coli D-3-Phosphoglycerate Dehydrogenase Authors: Dey, S. / Hu, Z. / Xu, X.L. / Sacchettini, J.C. / Grant, G.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 165.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 131 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2p9eC ![]() 2p9gC ![]() 2pa3SC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44140.449 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G336V, C81A, C83A, C250A, C282A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.29 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 10% PEG3000, 0.1M cacodylate, 0.2M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 3, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.46→35 Å / Num. obs: 31001 / % possible obs: 88.7 % / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 20.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.46→2.59 Å / Redundancy: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3604 / % possible all: 72.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 2PA3 Resolution: 2.46→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 18.873 / SU ML: 0.244 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.698 / ESU R Free: 0.338 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.721 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.46→35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.46→2.524 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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