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- PDB-2p99: E. coli methionine aminopeptidase monometalated with inhibitor YE6 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2p99 | ||||||
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Title | E. coli methionine aminopeptidase monometalated with inhibitor YE6 | ||||||
![]() | Methionine aminopeptidase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() initiator methionyl aminopeptidase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, Q. | ||||||
![]() | ![]() Title: Inhibition of Monometalated Methionine Aminopeptidase: Inhibitor Discovery and Crystallographic Analysis. Authors: Huang, M. / Xie, S.X. / Ma, Z.Q. / Huang, Q.Q. / Nan, F.J. / Ye, Q.Z. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 69 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 48.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 28995.443 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-MN / |
#3: Chemical | ChemComp-NA / |
#4: Chemical | ChemComp-YE6 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.16 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation |
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Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→20 Å / Num. obs: 20706 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing MR | Rfactor: 0.357 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.679
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Bsol: 35.936 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.323 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 40
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Xplor file |
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