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- PDB-2p7p: Crystal structure of genomically encoded fosfomycin resistance pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p7p
タイトルCrystal structure of genomically encoded fosfomycin resistance protein, FosX, from Listeria monocytogenes complexed with MN(II) and sulfate ion
要素Glyoxalase family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / hydrolase (加水分解酵素) / FOSFOMYCIN RESISTANCE PROTEIN / MN BINDING / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fosfomycin resistance protein FosX / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Fosfomycin resistance protein FosX
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (リステリア・モノサイトゲネス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Fillgrove, K.L. / Pakhomova, S. / Schaab, M. / Newcomer, M.E. / Armstrong, R.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure and Mechanism of the Genomically Encoded Fosfomycin Resistance Protein, FosX, from Listeria monocytogenes.
著者: Fillgrove, K.L. / Pakhomova, S. / Schaab, M.R. / Newcomer, M.E. / Armstrong, R.N.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxalase family protein
B: Glyoxalase family protein
C: Glyoxalase family protein
D: Glyoxalase family protein
E: Glyoxalase family protein
F: Glyoxalase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,45018
ポリマ－93,5446
非ポリマー90612
水3,603200
1
A: Glyoxalase family protein
B: Glyoxalase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4836
ポリマ－31,1812
非ポリマー3024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
2
C: Glyoxalase family protein
D: Glyoxalase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4836
ポリマ－31,1812
非ポリマー3024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
3
E: Glyoxalase family protein
F: Glyoxalase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4836
ポリマ－31,1812
非ポリマー3024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
4
A: Glyoxalase family protein
B: Glyoxalase family protein
ヘテロ分子

C: Glyoxalase family protein
D: Glyoxalase family protein
ヘテロ分子

E: Glyoxalase family protein
F: Glyoxalase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,45018
ポリマ－93,5446
非ポリマー90612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_546x+1/2,y-1/2,z+11
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area18530 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area34820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.500, 70.565, 84.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Glyoxalase family protein


分子量: 15590.603 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (リステリア・モノサイトゲネス)
株: EGD-e / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71YW5, UniProt: Q8Y6I2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 8000, 50 mM Na cacodylate, 0.1 M (NH4)2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→30 Å / Num. all: 46644 / Num. obs: 46644 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4094 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P7K

2p7k


解像度: 2.17→23.08 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1687 -RANDOM
Rwork0.226 ---
all-38493 --
obs-38493 83.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.1 Å20 Å2-1.02 Å2
2--18.53 Å20 Å2
3----6.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→23.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6279 0 36 200 6515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.61
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.031
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 146 -
Rwork0.372 --
obs-4950 61.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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