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- PDB-2p0j: Structure of restriction endonuclease BstYI bound to non-cognate DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p0j
タイトルStructure of restriction endonuclease BstYI bound to non-cognate DNA
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3'
  • BstYI
キーワードhydrolase/DNA / Restriction endonuclease (制限酵素) / DNA recognition (DNA型鑑定) / scanning / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type-2 restriction enzyme BglII / Restriction endonuclease BglII / Restriction endonuclease, type II, BamHI/BglIII/BstY / Restriction Endonuclease - #20 / 制限酵素 / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / BstYI
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Townson, S.A. / Samuelson, J.C. / Bao, Y. / Xu, S.Y. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: BstYI Bound to Noncognate DNA Reveals a "Hemispecific" Complex: Implications for DNA Scanning.
著者: Townson, S.A. / Samuelson, J.C. / Bao, Y. / Xu, S.Y. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3'
A: BstYI
B: BstYI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1504
ポリマ－53,1504
非ポリマー00
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.570, 118.990, 102.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-267-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3'


分子量: 3341.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*T)-3'


分子量: 3363.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 BstYI


分子量: 23222.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
遺伝子: bstYIR / プラスミド: PACYC, PCEF8, PET21AT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2744 / 参照: UniProt: Q84AF2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M sodium citrate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium citrate11
2HEPES11
3H2O11
4sodium citrate12
5HEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.979, 0.968
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9681
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 31206 / 冗長度: 7.7 %

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing dm shell解像度: 2.1→50 Å / Delta phi final: 0.123 / FOM : 0.126 / 反射: 58103

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / FOM work R set: 0.835 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 5708 9.6 %
Rwork0.199 --
obs-58103 97.6 %
溶媒の処理Bsol: 59.379 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 27.979 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.868 Å20 Å20 Å2
2---0.554 Å20 Å2
3---1.421 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-2.1 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3201 445 0 334 3980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.218
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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