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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oxk | |||||||||
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タイトル | Helix Bundle Quaternary Structure from alpha/beta-Peptide Foldamers: GCN4-pLI with beta-residues at b and f heptad positions. | |||||||||
要素 | hybrid alpha/beta peptide based on the GCN4-pLI sequence; heptad positions b and f substituted with beta-amino acids | |||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / helix bundle (ヘリックスバンドル) / foldamer (フォルダマー) | |||||||||
機能・相同性 | ギ酸 機能・相同性情報 | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Horne, W.S. / Price, J.L. / Keck, J.L. / Gellman, S.H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007 タイトル: Helix Bundle Quaternary Structure from alpha/beta-Peptide Foldamers. 著者: Horne, W.S. / Price, J.L. / Keck, J.L. / Gellman, S.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2oxk.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2oxk.ent.gz | 20.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2oxk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4197.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 1.5 M ammonium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月21日 / 詳細: confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: Gobel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→47.1 Å / Num. all: 2220 / Num. obs: 2220 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 6.6 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 42.2 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.558 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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