PDB-2owm: Motor domain of Neurospora crassa kinesin-3 (NcKin3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2owm

タイトル

Motor domain of Neurospora crassa kinesin-3 (NcKin3)

要素

Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

キーワード

MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) /

kinesin (キネシン) /

kinesin-3 (キネシン) /

motor domain (機関 (機械)) /

ADP (アデノシン二リン酸) / neck linker

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule motor activity / microtubule-based movement /

microtubule binding /

微小管 /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neurospora crassa (アカパンカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Marx, A. / Muller, J. / Mandelkow, E.-M. / Woehlke, G. / Mandelkow, E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: X-ray Structure and Microtubule Interaction of the Motor Domain of Neurospora crassa NcKin3, a Kinesin with Unusual Processivity
著者: Marx, A. / Muller, J. / Mandelkow, E.-M. / Woehlke, G. / Bouchet-Marquis, C. / Hoenger, A. / Mandelkow, E.

履歴

登録	2007年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2owm.cif.gz	265.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2owm.ent.gz	209.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2owm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/2owm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/2owm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i5sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bjs-d 4hch-d 3hco-d 5xd8-d 3mwc-1 3rra-d 3adv-2 3tte-2 4hcl-d 3tte-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (9) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (7) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

B: Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

C: Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

D: Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

ヘテロ分子

200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

C: Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

D: Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.945, 98.408, 111.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.860, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	A	A	40 - 132	40 - 132
2	1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	B	B	40 - 132	40 - 132
3	1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	C	C	40 - 132	40 - 132
4	1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	D	D	40 - 132	40 - 132
5	2	1	THR	THR	MET	MET	A	A	138 - 155	138 - 155
6	2	1	THR	THR	MET	MET	B	B	138 - 155	138 - 155
7	2	1	THR	THR	MET	MET	C	C	138 - 155	138 - 155
8	2	1	THR	THR	MET	MET	D	D	138 - 155	138 - 155
9	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	162 - 176	162 - 176
10	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	162 - 176	162 - 176
11	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	162 - 176	162 - 176
12	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	162 - 176	162 - 176
13	4	1	ASN	ASN	LYS	LYS	A	A	188 - 218	188 - 218
14	4	1	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	188 - 218	188 - 218
15	4	1	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	188 - 218	188 - 218
16	4	1	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	188 - 218	188 - 218
17	5	1	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	229 - 237	229 - 237
18	5	1	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	229 - 237	229 - 237
19	5	1	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	229 - 237	229 - 237
20	5	1	VAL	VAL	VAL	VAL	D	D	229 - 237	229 - 237
21	6	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	268 - 277	268 - 277
22	6	1	SER	SER	LYS	LYS	B	B	268 - 277	268 - 277
23	6	1	SER	SER	LYS	LYS	C	C	268 - 277	268 - 277
24	6	1	SER	SER	LYS	LYS	D	D	268 - 277	268 - 277
25	7	1	SER	SER	GLU	GLU	A	A	293 - 304	293 - 304
26	7	1	SER	SER	GLU	GLU	B	B	293 - 304	293 - 304
27	7	1	SER	SER	GLU	GLU	C	C	293 - 304	293 - 304
28	7	1	SER	SER	GLU	GLU	D	D	293 - 304	293 - 304
29	8	1	SER	SER	GLY	GLY	A	A	320 - 381	320 - 381
30	8	1	SER	SER	GLY	GLY	B	B	320 - 381	320 - 381
31	8	1	SER	SER	GLY	GLY	C	C	320 - 381	320 - 381
32	8	1	SER	SER	GLY	GLY	D	D	320 - 381	320 - 381
33	9	1	ALA	ALA	ILE	ILE	A	A	387 - 413	387 - 413
34	9	1	ALA	ALA	ILE	ILE	B	B	387 - 413	387 - 413
35	9	1	ALA	ALA	ILE	ILE	C	C	387 - 413	387 - 413
36	9	1	ALA	ALA	ILE	ILE	D	D	387 - 413	387 - 413
37	10	1	MG	MG	ADP	ADP	A	E - F	1001 - 1002
38	10	1	MG	MG	ADP	ADP	B	G - H	1001 - 1002
39	10	1	MG	MG	ADP	ADP	C	I - J	1001 - 1002
40	10	1	MG	MG	ADP	ADP	D	K - L	1001 - 1002
1	1	2	LYS	LYS	ASN	ASN	A	A	34 - 39	34 - 39
2	1	2	LYS	LYS	ASN	ASN	C	C	34 - 39	34 - 39
3	2	2	PHE	PHE	HIS	HIS	A	A	133 - 137	133 - 137
4	2	2	PHE	PHE	HIS	HIS	C	C	133 - 137	133 - 137
5	3	2	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	156 - 161	156 - 161
6	3	2	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	156 - 161	156 - 161
7	4	2	SER	SER	TYR	TYR	A	A	177 - 187	177 - 187
8	4	2	SER	SER	TYR	TYR	C	C	177 - 187	177 - 187
9	5	2	GLU	GLU	TYR	TYR	A	A	221 - 228	221 - 228
10	5	2	GLU	GLU	TYR	TYR	C	C	221 - 228	221 - 228
11	6	2	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	238 - 267	238 - 267
12	6	2	ARG	ARG	ARG	ARG	C	C	238 - 267	238 - 267
13	7	2	GLN	GLN	SER	SER	A	A	278 - 292	278 - 292
14	7	2	GLN	GLN	SER	SER	C	C	278 - 292	278 - 292
15	8	2	GLY	GLY	THR	THR	A	A	382 - 386	382 - 386
16	8	2	GLY	GLY	THR	THR	C	C	382 - 386	382 - 386
17	9	2	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	414 - 422	414 - 422
18	9	2	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	414 - 422	414 - 422
1	1	3	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	38 - 39	38 - 39
2	1	3	ALA	ALA	ASN	ASN	D	D	38 - 39	38 - 39
3	2	3	PHE	PHE	HIS	HIS	B	B	133 - 137	133 - 137
4	2	3	PHE	PHE	HIS	HIS	D	D	133 - 137	133 - 137
5	3	3	GLY	GLY	PRO	PRO	B	B	156 - 161	156 - 161
6	3	3	GLY	GLY	PRO	PRO	D	D	156 - 161	156 - 161
7	4	3	SER	SER	TYR	TYR	B	B	177 - 187	177 - 187
8	4	3	SER	SER	TYR	TYR	D	D	177 - 187	177 - 187
9	5	3	VAL	VAL	TYR	TYR	B	B	219 - 228	219 - 228
10	5	3	VAL	VAL	TYR	TYR	D	D	219 - 228	219 - 228
11	6	3	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	238 - 267	238 - 267
12	6	3	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	238 - 267	238 - 267
13	7	3	GLN	GLN	SER	SER	B	B	278 - 292	278 - 292
14	7	3	GLN	GLN	SER	SER	D	D	278 - 292	278 - 292
15	8	3	GLY	GLY	THR	THR	B	B	382 - 386	382 - 386
16	8	3	GLY	GLY	THR	THR	D	D	382 - 386	382 - 386
17	9	3	ARG	ARG	ASP	ASP	B	B	414 - 423	414 - 423
18	9	3	ARG	ARG	ASP	ASP	D	D	414 - 423	414 - 423

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

The biomolecule is a homodimer. This entry describes the asymmetric unit which contains 4 copies of the motor domain fragment of a protomer.

#1: タンパク質	Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C / E.C.3.6.4.4 / NcKin3-434 / Related to KINESIN-LIKE PROTEIN KIF1C 分子量: 49615.383 Da / 分子数: 4 / 断片: motor domain (residues 1-434) / 変異: CONFLICTS K88->E, N112->D, R281->G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neurospora crassa (アカパンカビ) 株: WT 74 A / 遺伝子: 17E5.250 / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9C2M3, EC: 3.6.4.4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 1.5ul protein solution (50mM phosphate buffer pH 7.5, 150mM sodium chloride, 50uM ATP, 1mM magnesium chloride, EGTA, DTT) mixed with 0.5ul reservoir (0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M sodium potassium ...詳細: 1.5ul protein solution (50mM phosphate buffer pH 7.5, 150mM sodium chloride, 50uM ATP, 1mM magnesium chloride, EGTA, DTT) mixed with 0.5ul reservoir (0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M sodium potassium tartrate, 24% PEG3350) and 0.2ul 0.1M magnesium chloride , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.50

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.49 %

結晶化

温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 1.5ul protein solution (50mM phosphate buffer pH 7.5, 150mM sodium chloride, 50uM ATP, 1mM magnesium chloride, EGTA, DTT) mixed with 0.5ul reservoir (0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M sodium potassium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.801
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月7日
放射	モノクロメーター: SI[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→111.8 Å / Num. obs: 26100 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 3.25→3.31 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.705 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.25 Å	30.32 Å
Translation	3.25 Å	30.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: TRUNCATED MODEL DERIVED FROM ADP COMPLEX OF KIF1A (1I5S)

1i5s

解像度: 3.25→111.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 58.033 / SU ML: 0.431 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.547 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	1329	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.213	24755	100 %	-
all	-	26084	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.87 Å²	0 Å²	5.06 Å²
2-	-	0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→111.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10226	0	112	0	10338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	10542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.972	14343
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.38	5	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.618	23.066	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.912	15	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.541	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.2	5456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.338	0.2	7143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.073	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.295	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.425	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.386	1.5	6623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.669	2	10561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.122	3	4368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.867	4.5	3782
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1889	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	1889	tight positional	0.07	0.05
1	3	C	1889	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	1889	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	672	tight positional	0.06	0.05
3	1	B	684	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	1889	tight thermal	0.11	0.5
1	2	B	1889	tight thermal	0.1	0.5
1	3	C	1889	tight thermal	0.11	0.5
1	4	D	1889	tight thermal	0.09	0.5
2	1	A	672	tight thermal	0.1	0.5
3	1	B	684	tight thermal	0.14	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.25→3.33 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	96	-
R_work	0.271	1798	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5897	-1.1238	-0.5523	3.3808	-0.2004	4.2273	0.2054	0.0174	0.1438	0.0995	-0.09	-0.2002	-0.3387	-0.1666	-0.1154	-0.3595	-0.1229	0.0129	-0.4354	-0.0229	-0.3829	28.528	33.95	52.619
2	5.0351	-1.2717	0.0751	2.295	-1.0771	4.5159	0.2751	0.0958	-0.1755	-0.0821	-0.1019	-0.1567	0.0329	-0.0623	-0.1732	-0.3168	-0.0994	-0.0459	-0.3128	-0.1066	-0.3142	60.934	21.152	-3.237
3	3.7666	0.5976	-1.3517	3.8217	0.6959	5.3275	0.1828	0.4797	-0.2049	-0.0903	-0.1146	0.3165	-0.1248	-0.8742	-0.0682	-0.4477	0.0347	-0.0728	-0.1121	0.0072	-0.3391	27.689	25.52	18.579
4	4.6083	1.2231	-2.6816	4.7441	-1.2067	6.2267	-0.1696	0.538	-0.4833	-0.0262	0.2534	-0.1435	0.679	-0.7982	-0.0838	-0.2502	-0.1843	-0.0723	0.0017	-0.0595	-0.3621	80.953	20.547	-32.828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 422
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	38 - 423
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	34 - 422
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	38 - 423

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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