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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2owl | ||||||
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Title | Crystal structure of E. coli RdgC | ||||||
![]() | Recombination-associated protein rdgC | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Briggs, G.S. / McEwan, P.A. / Yu, J. / Moore, T. / Emsley, J. / Lloyd, R.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Ring Structure of the Escherichia coli DNA-binding Protein RdgC Associated with Recombination and Replication Fork Repair. Authors: Briggs, G.S. / McEwan, P.A. / Yu, J. / Moore, T. / Emsley, J. / Lloyd, R.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 127.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 106.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4
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Details | The biological assembly is represented by the dimer in the asymmetric unit. |
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Components
#1: Protein | Mass: 34645.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.61 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 10% (w/v) PEG1000, 0.2 M Ca chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 180 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.4→19.8 Å / Num. all: 29976 / Num. obs: 29976 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.844 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→19.8 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2326 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
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