PDB-2osd: Crystal structure of a vinyl-4-reductase family protein (mj_1460)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2osd

タイトル

Crystal structure of a vinyl-4-reductase family protein (mj_1460) from methanocaldococcus jannaschii dsm at 2.40 A resolution

要素

Hypothetical protein MJ1460

仮説

キーワード

METAL BINDING PROTEIN /

Structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

4-vinyl reductase, 4VR / V4R domain / V4R / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein MJ_1460 (1592102) from Methanococcus jannaschii at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

Remark 999

SEQUENCE 1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2osd.cif.gz	45.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2osd.ent.gz	33.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2osd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2osd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2osd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oso
類似構造データ	2aqr-1 2fl3-d 4y05-d 6dex-d 2aqq-2 2aqn-2 2fkc-1 2zb4-d 2aqq-1 5tkq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 373077

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein MJ1460

ヘテロ分子

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein MJ1460

ヘテロ分子

A: Hypothetical protein MJ1460

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.786, 55.786, 118.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hypothetical protein MJ1460 / 仮説分子量: 19201.564 Da / 分子数: 1 / 断片: V4R domain / 変異: K132Y, K133Y, K134Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 生物種: Methanocaldococcus jannaschiiメタノカルドコックス・ヤンナスキイ株: DSM 2661, JAL-1, JCM 10045, NBRC 100440 / 遺伝子: 1592102, MJ1460 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q58855

#1: タンパク質

Hypothetical protein MJ1460 /

仮説

分子量: 19201.564 Da / 分子数: 1 / 断片: V4R domain / 変異: K132Y, K133Y, K134Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
生物種: Methanocaldococcus jannaschii

メタノカルドコックス・ヤンナスキイ
株: DSM 2661, JAL-1, JCM 10045, NBRC 100440 / 遺伝子: 1592102, MJ1460 / プラスミド: speedET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q58855

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: NANODROP, 0.2M CaCl2, 20.0% PEG 3350, No Buffer, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97879, 0.97908

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月7日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97879	1
3	0.97908	1

反射

解像度: 2.3→29.748 Å / Num. obs: 8939 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.084 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.3-2.36	7.1	0.917	0.8	4511	636	0.917	100
2.36-2.42	7.1	0.829	0.9	4530	639	0.829	100
2.42-2.49	7.1	0.746	1	4184	591	0.746	100
2.49-2.57	7.1	0.578	1.3	4176	591	0.578	100
2.57-2.66	7	0.457	1.7	4160	592	0.457	100
2.66-2.75	7	0.377	2.1	3804	540	0.377	100
2.75-2.85	7	0.266	2.9	3817	548	0.266	100
2.85-2.97	7.1	0.2	3.8	3666	520	0.2	100
2.97-3.1	6.9	0.149	5.1	3492	503	0.149	100
3.1-3.25	7	0.123	6	3336	477	0.123	100
3.25-3.43	6.9	0.1	6.9	3167	459	0.1	100
3.43-3.64	6.8	0.079	8.4	2991	437	0.079	100
3.64-3.89	6.9	0.068	9.6	2875	419	0.068	100
3.89-4.2	6.8	0.058	10	2683	395	0.058	100
4.2-4.6	6.7	0.05	12.4	2401	358	0.05	100
4.6-5.14	6.6	0.044	14.3	2175	331	0.044	100
5.14-5.94	6.4	0.058	10.4	1946	302	0.058	100
5.94-7.27	6.3	0.061	10.1	1623	259	0.061	100
7.27-10.29	5.9	0.039	15.3	1249	213	0.039	99.6
10.29-29.75	4.9	0.038	17.1	635	129	0.038	94.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.748 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 15.426 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.217
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	421	4.7 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
all	0.221	-	-	-
obs	0.221	8895	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1177	0	16	30	1223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.984	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.962	3	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.22	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.617	25.926	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.236	15	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	31.953	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	587
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.323	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.375	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.183	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.113	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.137	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.223	3	790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.446	3	302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.526	5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.368	8	512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.963	11	432

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	29	-
R_work	0.281	603	-
obs	-	632	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.696 Å / Origin y: 4.8495 Å / Origin z: 28.4007 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1232 Å²	-0.0169 Å²	-0.0221 Å²	-	-0.3418 Å²	-0.044 Å²	-	-	-0.2538 Å²
L	3.7316 °²	0.0404 °²	0.1906 °²	-	4.8298 °²	1.3634 °²	-	-	5.029 °²
S	-0.1126 Å °	0.091 Å °	0.3192 Å °	-0.2104 Å °	0.1143 Å °	-0.1761 Å °	-0.5322 Å °	0.3015 Å °	-0.0017 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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