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- PDB-2orb: The structure of the anti-c-myc antibody 9E10 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2orb
タイトルThe structure of the anti-c-myc antibody 9E10 Fab fragment
要素(Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ANTIGEN-ANTIBODY COMPLEX / ANTIGEN RECOGNITION (抗原提示) / long CDR H3
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Krauss, N. / Scheerer, P. / Hoehne, W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: The structure of the anti-c-myc antibody 9E10 Fab fragment/epitope peptide complex reveals a novel binding mode dominated by the heavy chain hypervariable loops.
著者: Krauss, N. / Wessner, H. / Welfle, K. / Welfle, H. / Scholz, C. / Seifert, M. / Zubow, K. / Ay, J. / Hahn, M. / Scheerer, P. / Skerra, A. / Hohne, W.
履歴
登録2007年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
H: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
M: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
I: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9956
ポリマ－97,8034
非ポリマー1922
水4,630257
1
L: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
H: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0934
ポリマ－48,9012
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA, PQS
2
M: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
I: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9012
ポリマ－48,9012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.593, 65.462, 117.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10


分子量: 24001.543 Da / 分子数: 2 / 断片: light chain of antigen binding fragment, Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#2: 抗体 Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10


分子量: 24899.799 Da / 分子数: 2 / 断片: heavy chain of antigen binding fragment, Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.05
詳細: 15% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate buffer, pH 3.05, 0.02% sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月25日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 37773 / Num. obs: 37773 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1278 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OR9

2or9


解像度: 2.2→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 1938 -RANDOM
Rwork0.261 ---
all-37692 --
obs-37692 91.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10 Å20 Å21.8 Å2
2---19.7 Å20 Å2
3---9.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6464 0 10 257 6731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.924
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.46 149 -
Rwork0.376 --
obs-2856 70 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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