PDB-2ojw: Crystal structure of human glutamine synthetase in complex with A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ojw

タイトル

Crystal structure of human glutamine synthetase in complex with ADP and phosphate

要素

Glutamine synthetase

グルタミンシンテターゼ

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / SYNTHETASE /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

protein S-acyltransferase / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / regulation of protein localization to nucleolus /

regulation of sprouting angiogenesis / regulation of endothelial cell migration / glutamate catabolic process /

グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Karlberg, T. / Uppenberg, J. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of mammalian glutamine synthetases illustrate substrate-induced conformational changes and provide opportunities for drug and herbicide design.
著者: Krajewski, W.W. / Collins, R. / Holmberg-Schiavone, L. / Jones, T.A. / Karlberg, T. / Mowbray, S.L.

履歴

登録	2007年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月20日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ojw.cif.gz	408.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ojw.ent.gz	325.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ojw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/2ojw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/2ojw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qc8C 2uu7C 2d3aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uu7-2 2uu7-1 5fv4-d 2qc8-d 1v3c-2 6ncz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

221 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
443 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	177.600, 122.600, 126.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: A B C D E)
NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MET	MET	ASN	ASN	A	A	18 - 310	37 - 329
2	MET	MET	ASN	ASN	B	B	18 - 310	37 - 329
3	MET	MET	ASN	ASN	C	C	18 - 310	37 - 329
4	MET	MET	ASN	ASN	D	D	18 - 310	37 - 329
5	MET	MET	ASN	ASN	E	E	18 - 310	37 - 329
6	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	317 - 365	336 - 384
7	ALA	ALA	GLY	GLY	B	B	317 - 365	336 - 384
8	ALA	ALA	GLY	GLY	C	C	317 - 365	336 - 384
9	ALA	ALA	GLY	GLY	D	D	317 - 365	336 - 384
10	ALA	ALA	THR	THR	E	E	317 - 364	336 - 383

詳細

The biological assembly is a decamer generated from the pentamer in the asymmetric unit by the operation: -x, y, -z

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Glutamine synthetase / グルタミンシンテターゼ / Glutamate-ammonia ligase / GS 分子量: 43364.773 Da / 分子数: 5 / 断片: Residues 4-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLUL, GLNS / プラスミド: PNIC-BSA4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15104, グルタミンシンテターゼ

#1: タンパク質

Glutamine synthetase /

グルタミンシンテターゼ / Glutamate-ammonia ligase / GS

分子量: 43364.773 Da / 分子数: 5 / 断片: Residues 4-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLUL, GLNS / プラスミド: PNIC-BSA4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15104,

グルタミンシンテターゼ

-
非ポリマー , 6種, 1431分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 7.5 詳細: 10% Isopropanol, 200 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月14日 / 詳細: FOCUSING: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 125431 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.1205 / R_sym value: 0.14
反射シェル	解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.416 / R_sym value: 0.485 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D3A

2d3a

解像度: 2.05→39.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 7.039 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	6388	5 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
obs	0.162	121373	100 %	-
all	-	121373	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0 Å²	1.01 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14250	0	221	1390	15861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	14840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.958	20083
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.094	3	24991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.756	5	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.81	23.388	729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.792	15	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.345	15	122
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	16607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	10497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	6671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	7178
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.234	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.096	1.5	11515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.244	1.5	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.301	2	14361
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.203	3	7035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.051	4.5	5719
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1940	medium positional	0.15	0.5
B	1940	medium positional	0.13	0
C	1940	medium positional	0.13	0
D	1940	medium positional	0.14	0
E	1940	medium positional	0.15	0
A	2571	loose positional	0.46	5
B	2571	loose positional	0.45	0
C	2571	loose positional	0.45	0
D	2571	loose positional	0.44	0
E	2571	loose positional	0.44	0
A	1940	medium thermal	0.87	2
B	1940	medium thermal	0.68	0
C	1940	medium thermal	0.61	0
D	1940	medium thermal	0.58	0
E	1940	medium thermal	0.79	0
A	2571	loose thermal	0.89	10
B	2571	loose thermal	0.78	0
C	2571	loose thermal	0.82	0
D	2571	loose thermal	0.78	0
E	2571	loose thermal	0.83	0

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	468	-
R_work	0.198	8909	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3781	-0.2948	-0.1802	0.4079	0.1315	0.1311	-0.0136	-0.002	0.059	-0.0562	0.0122	-0.0337	-0.0269	0.0263	0.0015	-0.0218	0.0028	0.0129	0.0321	0.0084	-0.0564	20.097	17.921	-36.119
2	0.0185	0.0439	-0.0569	0.2633	-0.1731	0.1844	0.0243	0.0202	-0.0404	0.046	-0.0154	0.0091	0.0276	0.0237	-0.0089	-0.0166	0.0043	-0.0003	0.0396	-0.0102	-0.0592	19.254	-3.839	-26.583
3	0.2571	-0.1111	-0.1498	0.3035	0.0639	0.3167	0.0091	-0.003	-0.0199	-0.014	-0.0018	-0.0028	0.0143	-0.0275	-0.0073	-0.0249	0.0076	0.0097	0.0115	-0.0045	-0.0566	24.45	-6.883	-31.949
4	0.5337	0.0154	-0.183	0.2425	0.0912	0.1155	0.0127	0.0419	0.0658	-0.0615	-0.0262	0.009	-0.0088	-0.0255	0.0135	-0.0169	-0.0082	-0.021	-0.0052	0.0402	-0.0272	-4.519	43.378	-28.606
5	0.2717	-0.0925	0.068	0.4343	-0.1235	0.171	-0.0394	-0.0051	0.0453	0.0065	0.0442	-0.031	0.0064	0.0252	-0.0048	-0.025	0.0014	-0.0012	0.0242	0.001	-0.0311	16.892	33.185	-25.955
6	0.3883	0.0112	-0.1807	0.3221	-0.056	0.4896	0.0064	0.0056	0.0791	-0.0269	0.0459	-0.0535	0.0161	0.0805	-0.0523	-0.0369	-0.0115	0.0085	0.0169	-0.0005	-0.0086	20.479	38.393	-30.945
7	0.1934	0.0153	0.021	0.5267	-0.1884	0.071	-0.0346	0.024	0.0434	-0.0211	0.0264	0.0493	0.0193	-0.0299	0.0083	-0.045	0.0037	-0.036	0.0124	0.0039	-0.0093	-34.796	26.742	-18.196
8	0.628	0.0851	0.3344	0.1937	0.0947	0.2841	0.0017	-0.0959	0.0876	-0.0225	-0.0124	0.0117	0.0106	-0.0331	0.0107	-0.0408	-0.0008	-0.0146	0.0121	-0.0003	-0.0159	-17.191	42.191	-14.859
9	0.3925	-0.0134	0.1862	0.3162	0.0024	0.2	-0.0313	-0.0285	0.0994	-0.0373	0.0035	0.0475	0.0084	-0.0028	0.0278	-0.0567	0.0103	-0.0189	-0.0069	0.0043	0.0189	-21.505	48.463	-17.248
10	0.7508	-0.1857	-0.0946	0.3053	0.0771	0.023	-0.0019	0.0547	-0.0986	-0.0369	-0.0217	0.0688	0.0197	-0.0121	0.0236	-0.0336	-0.038	-0.0079	0.0194	-0.0312	-0.0087	-29.343	-8.905	-20.374
11	0.4292	0.1677	-0.0045	0.5658	0.1727	0.0609	-0.0164	0.006	-0.0202	0.0396	-0.0194	0.0275	-0.0133	-0.0069	0.0358	-0.0271	-0.0189	-0.0078	0.0104	-0.009	-0.0176	-36.008	10.934	-8.847
12	0.4714	-0.0955	0.0407	0.3507	0.2001	0.1699	-0.0005	0.025	-0.0389	0.025	-0.0508	0.0868	-0.0039	-0.0021	0.0514	-0.0538	-0.0325	0.0005	0.0056	-0.0152	0.0087	-43.762	9.507	-10.148
13	0.408	0.0491	-0.1319	0.4261	0.0603	0.1562	-0.0124	0.1128	-0.0514	-0.0137	-0.0233	0.0257	0.0439	0.0324	0.0356	-0.0013	0.0039	0.0046	0.0189	-0.0404	-0.0485	4.672	-14.571	-31.856
14	0.5126	-0.1326	-0.2773	0.0362	0.0498	0.4101	-0.0443	-0.0258	-0.0555	0.0303	-0.0122	0.0523	0.0822	-0.0046	0.0566	0.0132	-0.0178	0.0149	0.0129	-0.0066	-0.0306	-13.405	-17.631	-16.339
15	0.4787	0.0835	-0.0976	0.3626	0.0768	0.3435	-0.0465	0.0161	-0.1393	0.0107	0.0093	0.03	0.0577	-0.0307	0.0372	0.0011	-0.018	0.0185	-0.0047	-0.0343	0.0083	-15.456	-24.68	-19.639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	11 - 127	30 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	128 - 177	147 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	178 - 365	197 - 384
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	13 - 127	32 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	128 - 177	147 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	178 - 365	197 - 384
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	10 - 127	29 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	128 - 177	147 - 196
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	178 - 365	197 - 384
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	11 - 127	30 - 146
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	128 - 177	147 - 196
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	178 - 365	197 - 384
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	E	15 - 127	34 - 146
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	E	128 - 177	147 - 196
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	E	178 - 364	197 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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