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- PDB-2ogg: Structure of B. subtilis trehalose repressor (TreR) effector bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ogg
タイトルStructure of B. subtilis trehalose repressor (TreR) effector binding domain
要素Trehalose operon transcriptional repressor
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / gene repressor / sugar binding (砂糖) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Trehalose operon transcriptional repressor / Universal Mobile Telecommunications System / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / コリスミ酸リアーゼ / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR ...Trehalose operon transcriptional repressor / Universal Mobile Telecommunications System / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / コリスミ酸リアーゼ / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator TreR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rezacova, P. / Krejcirikova, V. / Borek, D. / Moy, S.F. / Joachimiak, A. / Otwinowski, Z. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of the effector-binding domain of the trehalose repressor TreR from Bacillus subtilis 168 reveals a unique quarternary assembly.
著者: Rezacova, P. / Krejcirikova, V. / Borek, D. / Moy, S.F. / Joachimiak, A. / Otwinowski, Z.
履歴
登録2007年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月15日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose operon transcriptional repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5367
ポリマ－18,0441
非ポリマー4916
水64936
1
A: Trehalose operon transcriptional repressor
ヘテロ分子

A: Trehalose operon transcriptional repressor
ヘテロ分子

A: Trehalose operon transcriptional repressor
ヘテロ分子

A: Trehalose operon transcriptional repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,14228
ポリマ－72,1774
非ポリマー1,96624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area14210 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area26270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.719, 69.719, 236.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

NA

詳細the biological assembly is a dimer generated by the two fold axis: x, y, -z

-
要素

#1: タンパク質 Trehalose operon transcriptional repressor


分子量: 18044.209 Da / 分子数: 1 / 断片: Effector binding domain, residues 90-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: treR / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39796
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Reservoir: 0.1M MES pH 6.0, 1.26M Ammonium sulfate, 0.56mM CYMAL-5. Protein: 21.2mg/ml. Drops: 1+1 microliter, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 10126 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 58.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 50
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 70.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→37.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 15.803 / SU ML: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24659 990 9.8 %RANDOM
Rwork0.19024 ---
all0.19576 10126 --
obs0.19576 10126 95.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.687 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 29 36 1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221262
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9751697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9385143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33723.33369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.08215229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9261512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3580.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.02950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2810.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3370.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.281.5718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7321168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0273556
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.324.5529
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 40 -
Rwork0.306 505 -
obs--70.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.9599-3.032-0.986417.92616.702224.2622-0.7133-0.3265-0.16951.3141.3177-2.74510.69881.3356-0.6043-0.0779-0.06650.06160.1466-0.21410.191415.73513.17922.269
28.85650.15481.22469.67744.25911.6085-0.01170.40910.7664-1.0629-0.03120.9688-0.7731-0.69280.04290.13840.0343-0.06-0.070.01580.1119-4.14123.43417.563
315.6388-2.2105-7.78683.81681.93837.6348-0.2442-0.3247-0.18740.26010.4508-0.7460.02261.0925-0.2065-0.08390.0103-0.07290.0714-0.12190.066814.12414.90917.976
437.166110.0401-14.980418.0462-4.236722.83670.41890.55010.0730.4949-0.39071.4410.4026-0.5891-0.0282-0.1207-0.0825-0.0773-0.2064-0.0591-0.0471-4.30815.35820.075
50.76310.9799-2.06038.55694.482412.52370.135-0.0857-0.22150.04870.1422-0.62050.42620.2716-0.27720.00780.0675-0.0639-0.1139-0.08320.03343.9268.39925.073
622.35137.2604-1.74496.0338-6.28849.0432-0.3839-0.36310.00870.14760.2219-0.01380.1696-1.06650.1620.03680.002-0.0456-0.1157-0.01870.0278-4.9753.22518.257
738.107223.2219-11.992818.2896-7.745512.90660.29220.94831.04710.06360.57440.5985-0.5238-0.277-0.86660.2044-0.0120.037-0.117-0.0248-0.03254.51514.8513.964
823.897-0.35574.194322.8707-5.948112.9772-0.4335-0.00351.32260.470.6611-1.7836-1.39182.2541-0.22760.3492-0.38850.14240.3839-0.31570.310219.40723.65513.55
914.38682.1413-4.03415.2488-0.03086.36220.3067-0.10420.1237-0.31970.1942-0.0008-0.49720.2381-0.50090.0853-0.098-0.0347-0.0826-0.0631-0.16254.02714.9537.632
106.9781-2.9373-3.73734.19742.24193.92090.023-0.39630.0376-0.51020.448-0.3565-0.28350.8131-0.4710.0023-0.1530.03330.0633-0.0782-0.002210.36713.3628.704
1128.830111.212747.89924.360918.629179.5811-1.9058-5.31521.6729-0.2725-0.51982.2662-1.201-7.63542.42561.01510.7626-0.09711.6275-0.28620.77033.594-2.456-5.071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA95 - 1019 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2AA102 - 12316 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3AA124 - 14138 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4AA142 - 14856 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5AA149 - 16463 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6AA165 - 17379 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7AA174 - 18588 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8AA186 - 196100 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9AA197 - 214111 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10AA215 - 230129 - 144
11X-RAY DIFFRACTION11AA231 - 238145 - 152

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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