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- PDB-2oc2: Structure of testis ACE with RXPA380 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oc2
タイトルStructure of testis ACE with RXPA380
要素Angiotensin-converting enzyme, somatic isoformアンジオテンシン変換酵素
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / enzyme-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / tripeptidyl-peptidase activity / substance P catabolic process / アンジオテンシン変換酵素 / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / tripeptidyl-peptidase activity / substance P catabolic process / アンジオテンシン変換酵素 / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / response to laminar fluid shear stress / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / negative regulation of glucose import / 血管収縮 / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / neutrophil mediated immunity / hormone metabolic process / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / positive regulation of neurogenesis / mitogen-activated protein kinase kinase binding / arachidonic acid secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / heterocyclic compound binding / peptide catabolic process / heart contraction / lung alveolus development / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / hematopoietic stem cell differentiation / angiotensin maturation / blood vessel remodeling / amyloid-beta metabolic process / animal organ regeneration / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient levels / basal plasma membrane / kidney development / female pregnancy / angiotensin-activated signaling pathway / brush border membrane / cellular response to glucose stimulus / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / 血圧 / metallopeptidase activity / male gonad development / actin binding / peptidase activity / 精子形成 / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / リソソーム / calmodulin binding / response to hypoxia / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RX3 / アンジオテンシン変換酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / phases known / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Corradi, H.R. / Anthony, C.S. / Schwager, S.L. / Redelinghuys, P. / Georgiadis, D. / Dive, V. / Acharya, K.R. / Sturrock, E.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: The structure of testis angiotensin-converting enzyme in complex with the C domain-specific inhibitor RXPA380.
著者: Corradi, H.R. / Chitapi, I. / Sewell, B.T. / Georgiadis, D. / Dive, V. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The N domain of human angiotensin-I converting enzyme: the role of N-glycosylation and the crystal structure in complex with an N domain specific phosphinic inhibitor RXP407.
著者: Anthony, C.S. / Corradi, H.R. / Schwager, S.L. / Redelinghuys, P. / Georgiadis, D. / Dive, V. / Acharya, K.R. / Sturrock, E.D.
履歴
登録2006年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年4月11日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme, somatic isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0515
ポリマ－68,2971
非ポリマー7544
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.514, 84.763, 133.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme, somatic isoform / アンジオテンシン変換酵素 / E.C.3.4.15.1 / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II / CD143 antigen


分子量: 68297.195 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptidase M2 2 (residues 631-1232) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1 / プラスミド: pEE-ACEDelta36NJ / Cell (発現宿主): Hampster Ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-K1
参照: UniProt: P12821, アンジオテンシン変換酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-RX3 / N-({(1S,2R)-2-[(S)-[(1R)-1-{[(BENZYLOXY)CARBONYL]AMINO}-2-PHENYLETHYL](HYDROXY)PHOSPHORYL]CYCLOPENTYL}CARBONYL)-L-TRYPT OPHAN / RXPA380


分子量: 617.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N3O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 13.5% PEG 4000, 0.12M Na Malonate, 90mM Na Acetate pH 4.7, 9uM Zn Acetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8073 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 22494 / Num. obs: 22494 / % possible obs: 72.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 59.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: phases known
開始モデル: testis ACE

解像度: 2.25→17.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 7.76 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.842 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 926 4.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.217 22492 --
obs0.217 22492 72.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→17.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4751 0 47 107 4905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.9476701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3445583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01224.132242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97215789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9261526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23344
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0710.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4031.52999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69524703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.90732253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3924.51997
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 43 -
Rwork0.319 1258 -
obs-1301 58.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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