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- PDB-2o5i: Crystal structure of the T. thermophilus RNA polymerase elongatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5i
タイトルCrystal structure of the T. thermophilus RNA polymerase elongation complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...ポリメラーゼ) x 4
  • 5'-D(*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
  • 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3'
  • 5'-R(P*GP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードTRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / elongation complex / template DNA / non-template DNA / RNA transcript (転写 (生物学)) / TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 - #90 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #280 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain ...Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 - #90 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #280 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Alpha-Beta Complex / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vassylyev, D.G. / Tahirov, T.H. / Vassylyeva, M.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural basis for transcription elongation by bacterial RNA polymerase.
著者: Vassylyev, D.G. / Vassylyeva, M.N. / Perederina, A. / Tahirov, T.H. / Artsimovitch, I.
履歴
登録2006年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3'
H: 5'-R(P*GP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
X: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3'
Y: 5'-R(P*GP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
Z: 5'-D(*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
E: DNA-directed RNA polymerase omega chain
K: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
L: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
M: DNA-directed RNA polymerase beta chain
N: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
O: DNA-directed RNA polymerase omega chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)789,48822
ポリマ－789,17816
非ポリマー3106
水64,1873563
1
G: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3'
H: 5'-R(P*GP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
E: DNA-directed RNA polymerase omega chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,74411
ポリマ－394,5898
非ポリマー1553
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3'
Y: 5'-R(P*GP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
Z: 5'-D(*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
K: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
L: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
M: DNA-directed RNA polymerase beta chain
N: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
O: DNA-directed RNA polymerase omega chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,74411
ポリマ－394,5898
非ポリマー1553
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.211, 156.211, 499.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細The asymmetric unit contains the two molecules of the complex. The biological assembly is a monomeric complex.

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GXIZ

#1: DNA鎖 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3'


分子量: 7001.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template strand
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*G)-3'


分子量: 4323.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA non-template strand

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RNA鎖 , 1種, 2分子 HY

#2: RNA鎖 5'-R(P*GP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 5184.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA transcript

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 4種, 10分子 ABKLCMDNEO

#4: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase alpha chain / E.C.2.7.7.6 / RNAP alpha subunit / Transcriptase alpha chain / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHR6, ポリメラーゼ
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase beta chain / E.C.2.7.7.6 / RNAP beta subunit / Transcriptase beta chain / RNA polymerase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE9, ポリメラーゼ
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase beta' chain / E.C.2.7.7.6 / RNAP beta' subunit / Transcriptase beta' chain / RNA polymerase beta' subunit


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE8, ポリメラーゼ
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase omega chain / E.C.2.7.7.6 / RNAP omega subunit / Transcriptase omega chain / RNA polymerase omega subunit


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE7, ポリメラーゼ

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非ポリマー , 3種, 3569分子

#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% MPD, 0.1M Na cacodylate, 0.2M Mg acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Na cacodylate11
3Mg acetate11
4H2O11
5MPD12
6Na cacodylate12
7Mg acetate12
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 408984 / Num. obs: 368781 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 31511 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BE5

2be5


解像度: 2.5→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The perfect merohedral twinning was detected in the crystals with the twinning operator {h,-k,-l}. The refinement statistics presented for this entry corresponds to the refinement carried out ...詳細: The perfect merohedral twinning was detected in the crystals with the twinning operator {h,-k,-l}. The refinement statistics presented for this entry corresponds to the refinement carried out using the twinning option of the CNS program. For the deposition the diffraction data were detwinned using the CNS program. Therefore, some reflections were lost due to the detwinning procedure and are missing in the deposited SF file, whereas the refinement statistics calculated based on the detwinned ata might be slightly different from those obtained during the "twinned" refinement included in this entry.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2667 21369 -random
Rwork0.2376 ---
all0.2402 347412 --
obs0.2402 347412 90.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.37 Å
Luzzati sigma a0.96 Å0.95 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46982 2168 6 3563 52719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.159
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 1751 -
Rwork0.3304 --
obs-31511 77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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