+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o42 | ||||||
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Title | Crystal Structure of M11L, Bcl-2 homolog from myxoma virus | ||||||
Components | M11L protein | ||||||
Keywords | apoptosis inhibitor / poxvirus / Bcl-2 Homolog | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Myxoma virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.91 Å | ||||||
Authors | Douglas, A.E. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2007 Title: Structure of M11L: A myxoma virus structural homolog of the apoptosis inhibitor, Bcl-2. Authors: Douglas, A.E. / Corbett, K.D. / Berger, J.M. / McFadden, G. / Handel, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2o42.cif.gz | 64 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2o42.ent.gz | 48.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2o42.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/2o42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/2o42 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16561.223 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Myxoma virus / Genus: Leporipoxvirus / Gene: M11L, m011L / Plasmid: pET-21b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q85295 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.36 Å3/Da / Density % sol: 71.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: sodium citrate, ammonium sulfate, KCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jan 8, 2005 | ||||||||||||||||||
Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. all: 13415 / Num. obs: 13415 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.92 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.596 / Num. unique all: 1296 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.91→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 11.664 / SU ML: 0.22 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.351 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.565 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.91→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.91→2.981 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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