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Yorodumi- PDB-2nyr: Crystal Structure of Human Sirtuin Homolog 5 in Complex with Suramin -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2nyr | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Human Sirtuin Homolog 5 in Complex with Suramin | |||||||||
Components | NAD-dependent deacetylase sirtuin-5 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / HISTONE DEACETYLASE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC | |||||||||
Function / homology | Function and homology information protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / mitochondrion organization / response to nutrient levels / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / mitochondrial intermembrane space / transferase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.06 Å | |||||||||
Authors | Min, J.R. / Antoshenko, T. / Allali-Hassani, A. / Dong, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2007 Title: Structural basis of inhibition of the human NAD+-dependent deacetylase SIRT5 by suramin. Authors: Schuetz, A. / Min, J. / Antoshenko, T. / Wang, C.L. / Allali-Hassani, A. / Dong, A. / Loppnau, P. / Vedadi, M. / Bochkarev, A. / Sternglanz, R. / Plotnikov, A.N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2nyr.cif.gz | 124 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2nyr.ent.gz | 96.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2nyr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2nyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2nyr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2b4yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29426.521 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Residues 34-302 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SIRT5, SIR2L5 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9NXA8, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SVR / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 25% PEG 3350, 200mM NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.54178 / Wavelength: 1 Å | |||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 24, 2005 | |||||||||
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.06→58.12 Å / Num. all: 28096 / Num. obs: 28096 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.06→2.1 Å / % possible all: 86.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2B4Y Resolution: 2.06→58.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 10.642 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.238 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.64 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.06→58.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.06→2.11 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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