[日本語] English
万見
- PDB-2np9: Crystal structure of a dioxygenase in the Crotonase superfamily -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2np9
タイトルCrystal structure of a dioxygenase in the Crotonase superfamily
要素DpgC
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Protein inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


(3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / antibiotic biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1300 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXYGEN MOLECULE / Chem-YE1 / (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces toyocaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Bruner, S.D. / Widboom, P.F. / Fielding, E.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural basis for cofactor-independent dioxygenation in vancomycin biosynthesis.
著者: Widboom, P.F. / Fielding, E.N. / Liu, Y. / Bruner, S.D.
履歴
登録2006年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DpgC
B: DpgC
C: DpgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,9069
ポリマ－145,1083
非ポリマー2,7986
水4,035224
1
A: DpgC
B: DpgC
C: DpgC
ヘテロ分子

A: DpgC
B: DpgC
C: DpgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,81118
ポリマ－290,2166
非ポリマー5,59612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area28520 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area90730 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)139.860, 156.660, 171.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by the operations: 1/2-x, 1/2+y, -z and 1/2+x, 1/2-y, -z

-
要素

#1: タンパク質 DpgC / Dioxygenase of crotonase superfamily


分子量: 48369.262 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces toyocaensis (バクテリア)
株: NRRL 15009 / 遺伝子: DpgC / プラスミド: pET30a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8KLK7, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-YE1 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (3R)-4-({3-[(2-{[(3,5-DIHYDROXYPHENYL)ACETYL]AMINO}ETHYL)AMINO]-3-OXOPROPYL}AMINO)-3-HYDROXY-2,2-DIMETHYL-4-OXOBUTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE


分子量: 900.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H43N8O19P3
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.98 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 143933 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.07 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.577 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNBOUND FORM OF THE ENZYME

解像度: 2.45→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.356 6497 4.7 %RANDOM
Rwork0.328 ---
obs0.328 128502 93 %-
all-128502 --
溶媒の処理Bsol: 21.71 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 36.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.052 Å20 Å20 Å2
2--9.298 Å20 Å2
3----16.35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å / Luzzati sigma a obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9779 0 183 224 10186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4827
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.30016
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.04688
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4422.5
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.49 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る