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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n3y | ||||||
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タイトル | NMR structure of the Y48pCMF variant of human cytochrome c in its reduced state | ||||||
要素 | Cytochrome cシトクロムc | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Cytochrome c (シトクロムc) / hemeprotein / mitochondria (ミトコンドリア) / apoptosis (アポトーシス) / phosphorylation (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 細胞呼吸 ...Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / respirasome / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ミトコンドリア / Cytoprotection by HMOX1 / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, molecular dynamics | ||||||
Model details | closest to the average, model1 | ||||||
データ登録者 | Moreno-Beltran, B. / Del Conte, R. / Diaz-Quintana, A. / De la Rosa, M.A. / Turano, P. / Diaz-Moreno, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Structural basis of mitochondrial dysfunction in response to cytochrome c phosphorylation at tyrosine 48. 著者: Moreno-Beltran, B. / Guerra-Castellano, A. / Diaz-Quintana, A. / Del Conte, R. / Garcia-Maurino, S.M. / Diaz-Moreno, S. / Gonzalez-Arzola, K. / Santos-Ocana, C. / Velazquez-Campoy, A. / De la ...著者: Moreno-Beltran, B. / Guerra-Castellano, A. / Diaz-Quintana, A. / Del Conte, R. / Garcia-Maurino, S.M. / Diaz-Moreno, S. / Gonzalez-Arzola, K. / Santos-Ocana, C. / Velazquez-Campoy, A. / De la Rosa, M.A. / Turano, P. / Diaz-Moreno, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2n3y.cif.gz | 662.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2n3y.ent.gz | 583.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2n3y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/2n3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/2n3y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11682.618 Da / 分子数: 1 / 変異: Y48pCMFCc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYCS, CYC / プラスミド: pCcY48AMBER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P99999 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MH0 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.05 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Molecular dynamics performed in solvent | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 2176 / NOE intraresidue total count: 362 / NOE long range total count: 392 / NOE medium range total count: 562 / NOE sequential total count: 769 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 71 / Protein psi angle constraints total count: 71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.79 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.29 Å / Torsion angle constraint violation method: TALOS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.0059 Å |