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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n18 | ||||||
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タイトル | Dominant form of the low-affinity complex of yeast cytochrome c and cytochrome c peroxidase | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Release of apoptotic factors from the mitochondria / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Volkov, A. / Van de Water, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The low-affinity complex of cytochrome c and its peroxidase. 著者: Van de Water, K. / Sterckx, Y.G. / Volkov, A.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 33543.188 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 68-361 / 変異: C128A, V197C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / プラスミド: pET24 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00431, ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12073.835 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-109 / 変異: A81C, C102T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / プラスミド: pUCcc / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 12073.835 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-109 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / プラスミド: pUCcc / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-HEM / ![]() |
#5: 化合物 | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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NMR実験 | タイプ![]() ![]() |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.4 mM [U-2H; U-15N] CcP, 0.4 mM Cc, 0.4 mM Cc1, 20 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O 溶媒系: 93% H2O/7% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 15 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian Uniform NMR System / 製造業者: Varian / モデル![]() |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: ![]() 詳細: AUTHORS STATE THAT CCP (CHAIN A) HAS TWO BINDING SITES FOR CC (CHAINS B AND C). ONE OF THE SITES IS BLOCKED BY PREPARING A COVALENT CCP-CC CROSSLINK (CHAINS A-B), WHILE STUDYING THE BINDING ...詳細: AUTHORS STATE THAT CCP (CHAIN A) HAS TWO BINDING SITES FOR CC (CHAINS B AND C). ONE OF THE SITES IS BLOCKED BY PREPARING A COVALENT CCP-CC CROSSLINK (CHAINS A-B), WHILE STUDYING THE BINDING OF THE SECOND CC MOLECULE (CHAIN C) TO ANOTHER SITE. THE CROSS-LINKING WAS DONE VIA AN ENGINEERED DISULFIDE BETWEEN CCP V197C AND CC A81C GROUPS (I.E. CHAIN A V197C - CHAIN B A81C). IN ADDITION, THE NATIVE CYS RESIDUES OF BOTH CCP AND CC WERE MUTATED OUT (I.E. CHAIN A C128A AND CHAIN B C102T MUTATIONS). THE CROSSLINK STRUCTURE (CHAINS A-B), TAKEN FROM THE PDB ENTRY 1S6V, WAS KEPT FIXED IN THE NMR RESTRAINT-DRIVEN RIGID-BODY DOCKING OF THE SECOND CC MOLECULE (CHAIN C). RIGID-BODY REFINEMENT PROTOCOL IS DESCRIBED IN DETAIL IN THE MAIN CITATION ASSOCIATED WITH THIS ENTRY. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |