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- PDB-2mxt: NMR structure of the acidic domain of SYNCRIP (hnRNPQ) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mxt
タイトルNMR structure of the acidic domain of SYNCRIP (hnRNPQ)
要素Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q
キーワードSPLICING / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Acidic domain (酸) / SYNCRIP / Splicing factor / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Partnership for T-Cell Biology / TCELL
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA editing complex / : / CRD-mediated mRNA stability complex / mRNA modification / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / histone pre-mRNA 3'end processing complex / positive regulation of cytoplasmic translation ...mRNA editing complex / : / CRD-mediated mRNA stability complex / mRNA modification / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / histone pre-mRNA 3'end processing complex / positive regulation of cytoplasmic translation / GAIT complex / 転写後修飾 / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / mRNA 5'-UTR binding / cellular response to type II interferon / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / 小胞体 / RNA binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q, RNA recognition motif 2 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q acidic domain / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q acidic domain / HnRNP R/Q splicing factor / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Serrano, P. / Wuthrich, K. / Beuck, C. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the acidic domain of SYNCRIP
著者: Serrano, P. / Beuck, C. / Wuthrich, K.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Other
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4951
ポリマ－9,4951
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 40target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q / hnRNP Q / Glycine- and tyrosine-rich RNA-binding protein / GRY-RBP / NS1-associated protein 1 / ...hnRNP Q / Glycine- and tyrosine-rich RNA-binding protein / GRY-RBP / NS1-associated protein 1 / Synaptotagmin-binding / cytoplasmic RNA-interacting protein


分子量: 9494.643 Da / 分子数: 1 / 断片: acidic domain (UNP residues 24-107) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNCRIP, HNRPQ, NSAP1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60506

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111APSY 4D-HACANH
121APSY 5D-(HA)CA(CO)NH
131APSY 5D-CBCA(CO)NH
1412D 1H-15N HSQC
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY aliphatic
1713D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 1.2 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMprotein-1[U-99% 13C; U-98% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
5 mMsodium azide-41
試料状態イオン強度: 0.0798 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software名称: OPALp / 分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1516 / NOE intraresidue total count: 401 / NOE long range total count: 274 / NOE medium range total count: 471 / NOE sequential total count: 370
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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