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万見
- PDB-2ml3: Solution Structure of AlgE6R3 subunit from the Azotobacter vinela... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ml3
タイトルSolution Structure of AlgE6R3 subunit from the Azotobacter vinelandii Mannuronan C5-epimerase
要素Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 6
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Alginate C-5 epimerase / mannuronan C-5 epimerase / R-module (環上の加群)
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Pectate lyase superfamily protein / Pectate lyase superfamily protein / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) ...Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Pectate lyase superfamily protein / Pectate lyase superfamily protein / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannuronan C5-epimerase AlgE6
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Buchinger, E. / Wimmer, R. / Aachmann, F.L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of the R-modules in Alginate C-5 Epimerases AlgE4 and AlgE6 from Azotobacter vinelandii
著者: Buchinger, E. / Knudsen, D.H. / Behrens, M.A. / Pedersen, J.S. / Aarstad, O.A. / Tndervik, A. / Valla, S. / Skjak-Brk, G. / Wimmer, R. / Aachmann, F.L.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2011
タイトル: NMR assignments of 1H, 13C and 15N resonances of the C-terminal subunit from Azotobacter vinelandii mannuronan C5-epimerase 6 (AlgE6R3)
著者: Buchinger, E. / Skjak-Brk, G. / Valla, S. / Wimmer, R. / Aachmann, F.L.
履歴
登録2014年2月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4787
ポリマ－18,2371
非ポリマー2406
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 6 / Mannuronan epimerase 6


分子量: 18237.443 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 695-874 / 変異: A180T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: algE6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9ZFH0, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of the third R-module of AlgE6 from Azotobacter vinelandii
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D HN(CO)CA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-COSY
11113D HN(CA)CO
11213D HNHAHB
11332D 1H-1H NOESY
11413D 1H-15N NOESY
11523D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.15 mM [U-13C; U-15N] AlgE6R3-1, 20 mM HEPES-2, 25 mM CaCl2-3, 90 % H20-4, 10 % D20-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.15 mM [U-13C; U-15N] AlgE6R3-6, 20 mM HEPES-7, 25 mM CaCl2-8, 100 % D20-9, 100% D2O100% D2O
30.15 mM [U-13C; U-15N] AlgE6R3-10, 20 mM [U-2H] HEPES-11, 25 mM CaCl2-12, 100 % D20-13, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.15 mMAlgE6R3-1[U-13C; U-15N]1
20 mMHEPES-21
25 mMCaCl2-31
90 %H20-41
10 %D20-51
0.15 mMAlgE6R3-6[U-13C; U-15N]2
20 mMHEPES-72
25 mMCaCl2-82
100 %D20-92
0.15 mMAlgE6R3-10[U-13C; U-15N]3
20 mMHEPES-11[U-2H]3
25 mMCaCl2-123
100 %D20-133
試料状態pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
TopSpin1.3Krieger E, Koraimann G, Vriend Gchemical shift assignment
TopSpin1.3Krieger E, Koraimann G, Vriend Gcollection
TopSpin1.3Krieger E, Koraimann G, Vriend G精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
YASARAYASARA Biosciences精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2146 / NOE intraresidue total count: 889 / NOE long range total count: 553 / NOE medium range total count: 98 / NOE sequential total count: 606 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 51 / Protein psi angle constraints total count: 51
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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