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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mit | ||||||
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タイトル | Solution structure of oxidized dimeric form of human defensin 5 | ||||||
要素 | Defensin-5ディフェンシン | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / cysteine knot (シスチンノット) / antimicrobial peptide (抗微生物ペプチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of membrane permeability / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / defense response to fungus / 小胞 / 細胞外マトリックス / innate immune response in mucosa / 分泌 ...positive regulation of membrane permeability / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / defense response to fungus / 小胞 / 細胞外マトリックス / innate immune response in mucosa / 分泌 / positive regulation of interleukin-8 production / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / midbody / antibacterial humoral response / protein homotetramerization / secretory granule lumen / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / 自然免疫系 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
Model details | closest to the average, model1 | ||||||
データ登録者 | Wommack, A.J. / Ziarek, J.J. / Wagner, G. / Nolan, E.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of oxidized dimeric form of human defensin 5 著者: Wommack, A.J. / Ziarek, J.J. / Wagner, G. / Nolan, E.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mit.cif.gz | 428.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mit.ent.gz | 374.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mit | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3594.228 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 63-94 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEF5, DEFA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01523 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: Initial structures calculated by minimizing target function. Final CYANA structure refined in explicit water using molecular dynamics. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1113 / NOE intraresidue total count: 270 / NOE long range total count: 384 / NOE medium range total count: 118 / NOE sequential total count: 232 / Disulfide bond constraints total count: 18 / Protein chi angle constraints total count: 28 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 40 / Protein psi angle constraints total count: 38 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.3 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.66 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.0264 Å / Distance rms dev error: 0.0042 Å |