[日本語] English
万見
- PDB-2m5j: Solution structure of the periplasmic signaling domain of HasR, a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m5j
タイトルSolution structure of the periplasmic signaling domain of HasR, a TonB-dependent outer membrane heme transporter
要素HasR protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / signaling domain / TonB dependent transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent haem/haemoglobin receptor / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel ...TonB-dependent haem/haemoglobin receptor / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / 3-Layer(bab) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsrepresentative secondary structure, model6
データ登録者Malki, I. / Cardoso de Amorim, G. / Prochnicka-Chalufour, A. / Simenel, C. / Delepierre, M. / Izadi-Pruneyre, N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Interaction of a Partially Disordered Antisigma Factor with Its Partner, the Signaling Domain of the TonB-Dependent Transporter HasR
著者: Malki, I. / Simenel, C. / Wojtowicz, H. / Cardoso de Amorim, G. / Prochnicka-Chalufour, A. / Hoos, S. / Raynal, B. / England, P. / Chaffotte, A. / Delepierre, M. / Delepelaire, P. / Izadi-Pruneyre, N.
履歴
登録2013年2月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HasR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1071
ポリマ－11,1071
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1representative secondary structure

-
要素

#1: タンパク質 HasR protein


分子量: 11106.586 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79AD2

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: HasR N-terminal periplasmic signaling domain
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1912D (HB)CB(CGCD)HD
11012D (HB)CB(CGCDCE)HE
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] HasR_N-terminal_periplasmic_signaling_domain-1, 50 mM Sodium phosphate-2, 50 mM NaCl-3, 85% H2O/15% D2O
溶媒系: 85% H2O/15% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMHasR_N-terminal_periplasmic_signaling_domain-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMSodium phosphate-21
50 mMNaCl-31
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian NMR System / 製造業者: Varian / モデル: NMR System / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.15CCPNchemical shift assignment
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: representative secondary structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 6

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る