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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lwl | ||||||
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タイトル | Structural Basis for the Interaction of Human β-Defensin 6 and Its Putative Chemokine Receptor CCR2 and Breast Cancer Microvesicles | ||||||
要素 | Beta-defensin 106 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / breast cancer / dynamic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microvesicle / CCR2 chemokine receptor binding / Beta defensins / ディフェンシン / antifungal innate immune response / extrinsic component of membrane / lipopolysaccharide binding / heparin binding / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium ...microvesicle / CCR2 chemokine receptor binding / Beta defensins / ディフェンシン / antifungal innate immune response / extrinsic component of membrane / lipopolysaccharide binding / heparin binding / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / 自然免疫系 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | de Paula, V.S. / Gomes, N.S.F. / Lima, L.G. / Miyamoto, C.A. / Monteiro, R.Q. / Almeida, F.C.L. / Valente, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013 タイトル: Structural Basis for the Interaction of Human beta-Defensin 6 and Its Putative Chemokine Receptor CCR2 and Breast Cancer Microvesicles. 著者: De Paula, V.S. / Gomes, N.S. / Lima, L.G. / Miyamoto, C.A. / Monteiro, R.Q. / Almeida, F.C. / Valente, A.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lwl.cif.gz | 271.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lwl.ent.gz | 235.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lwl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/2lwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/2lwl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5444.380 Da / 分子数: 1 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFB106A, BD6, DEFB106, DEFB6, DEFB106B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N104 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] sodium phosphate, 0.2-0.6 mM [U-99% 15N] sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 5 / pH: 5.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software | 名称: ARIA/CNS version / バージョン: 1.2 / 開発者: Nilges, M. / 分類: 精密化 |
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代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |