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万見
- PDB-2lwf: Structure of N-terminal domain of a plant Grx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lwf
タイトルStructure of N-terminal domain of a plant Grx
要素Monothiol glutaredoxin-S16, chloroplastic
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / Glutaredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


葉緑体 / monoatomic cation transport / protein-disulfide reductase activity / 葉緑体 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / electron transfer activity / hydrolase activity / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monothiol glutaredoxin-related / Glutaredoxin, PICOT-like / GIY-YIG endonuclease superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional monothiol glutaredoxin-S16, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Feng, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the N-terminal GIY-YIG endonuclease activity of Arabidopsis glutaredoxin AtGRXS16 in chloroplasts.
著者: Liu, X. / Liu, S. / Feng, Y. / Liu, J.Z. / Chen, Y. / Pham, K. / Deng, H. / Hirschi, K.D. / Wang, X. / Cheng, N.
履歴
登録2012年7月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32013年6月26日Group: Database references
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monothiol glutaredoxin-S16, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9081
ポリマ－12,9081
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Monothiol glutaredoxin-S16, chloroplastic / AtGrxS16 / CAXIP1-like protein


分子量: 12907.639 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GRXS16, At2g38270, F16M14.20 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H7F6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HNCO
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D (H)CCH-COSY
11013D CCH-TOCSY
11113D 1H-15N TOCSY
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY aliphatic
11413D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.5-1.0 mM [U-13C; U-15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 0.02 % DSS, 0.1 v/v [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity-1[U-13C; U-15N]0.5-1.01
50 mMsodium phosphate-21
10 mMDTT-31
0.02 %DSS-41
0.1 v/vD2O-5[U-2H]1
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
FelixAccelrys Software Inc.解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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