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万見
- PDB-2lnw: Identification and structural basis for a novel interaction betwe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lnw
タイトルIdentification and structural basis for a novel interaction between Vav2 and Arap3
要素
  • Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
  • Guanine nucleotide exchange factor VAV2
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / Azathioprine ADME / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / regulation of cell size / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / regulation of GTPase activity ...phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / Azathioprine ADME / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / regulation of cell size / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / regulation of GTPase activity / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHOC GTPase cycle / Fc-epsilon receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vesicle-mediated transport / GPVI-mediated activation cascade / ruffle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / phosphotyrosine residue binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / 凝固・線溶系 / VEGFA-VEGFR2 Pathway / G alpha (12/13) signalling events / 遊走 / cellular response to xenobiotic stimulus / DAP12 signaling / lamellipodium / 血管新生 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞骨格 / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
VAV2 protein, second SH3 domain / VAV2 protein, first SH3 domain / VAV2, SH2 domain / ARAP, RhoGAP domain / Vav, PH domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf ...VAV2 protein, second SH3 domain / VAV2 protein, first SH3 domain / VAV2, SH2 domain / ARAP, RhoGAP domain / Vav, PH domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Variant SH3 domain / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Rho GTPase activation protein / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange factor VAV2 / Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wu, B. / Zhang, J. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Identification and structural basis for a novel interaction between Vav2 and Arap3.
著者: Wu, B. / Wang, F. / Zhang, J. / Zhang, Z. / Qin, L. / Peng, J. / Li, F. / Liu, J. / Lu, G. / Gong, Q. / Yao, X. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2012年1月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide exchange factor VAV2
B: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7592
ポリマ－15,7592
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide exchange factor VAV2 / VAV-2


分子量: 14628.519 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 659-771 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VAV2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52735
#2: タンパク質・ペプチド Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 / Centaurin-delta-3 / Cnt-d3


分子量: 1130.052 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1404-1412 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWN8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HCACO
1613D HBHA(CO)NH
1713D C(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D H(CCO)NH
11023D (H)CCH-TOCSY
11123D (H)CCH-COSY
11223D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 3 mM entity_2-2, 5 mM potassium phosphate-3, 20 mM sodium phosphate-4, 5 mM DTT-5, 2 mM EDTA-6, 75 mM sodium chloride-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-8, 3 mM entity_2-9, 5 mM potassium phosphate-10, 75 mM sodium chloride-11, 5 mM DTT-12, 2 mM EDTA-13, 20 mM sodium phosphate-14, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
3 mMentity_2-21
5 mMpotassium phosphate-31
20 mMsodium phosphate-41
5 mMDTT-51
2 mMEDTA-61
75 mMsodium chloride-71
1 mMentity_1-8[U-100% 13C; U-100% 15N]2
3 mMentity_2-92
5 mMpotassium phosphate-102
75 mMsodium chloride-112
5 mMDTT-122
2 mMEDTA-132
20 mMsodium phosphate-142
試料状態イオン強度: 120 / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readchemical shift calculation
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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