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- PDB-2lnj: Solution Structure of Cyanobacterial PsbP (CyanoP) from Synechocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lnj
タイトルSolution Structure of Cyanobacterial PsbP (CyanoP) from Synechocystis sp. PCC 6803
要素Putative uncharacterized protein sll1418
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / CyanoP / Photosystem II (光化学系II) / PsbP / sll1418
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / extrinsic component of membrane / 光合成 / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
PsbP, C-terminal / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Jackson, S.A. / Hinds, M.G. / Eaton-Rye, J.J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Solution structure of CyanoP from Synechocystis sp. PCC 6803: New insights on the structural basis for functional specialization amongst PsbP family proteins
著者: Jackson, S.A. / Hinds, M.G. / Eaton-Rye, J.J.
履歴
登録2011年12月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein sll1418


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7451
ポリマ－18,7451
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein sll1418 / Sll1418 protein


分子量: 18744.592 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: psbP, sll1418, SYNGTS_1443 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73952

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-13C NOESY
1223D HNCA
1323D HN(CA)CB
1423D HNCO
1523D HN(CO)CA
1623D (H)CCH-TOCSY
1723D HBHA(CO)NH
1812D 1H-15N HSQC
1913D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-100% 15N] PsbP-1, 5 mM TCEP-2, 25 mM sodium phosphate-3, 10 mM sodium chloride-4, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PsbP-5, 5 mM TCEP-6, 25 mM sodium phosphate-7, 10 mM sodium chloride-8, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMPsbP-1[U-100% 15N]1
5 mMTCEP-21
25 mMsodium phosphate-31
10 mMsodium chloride-41
0.4 mMPsbP-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 mMTCEP-62
25 mMsodium phosphate-72
10 mMsodium chloride-82
試料状態pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospin解析
CCPNMR-Analysis_v2.1CCPNデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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