PDB-2lnf: Neurotensin 40 structures in DMPC/CHAPS(q=0.25) bicelle pH 5.5 & ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lnf

タイトル

Neurotensin 40 structures in DMPC/CHAPS(q=0.25) bicelle pH 5.5 & 298K. NMR data & Structures

要素

Neurotensin

ニューロテンシン

キーワード

NEUROPEPTIDE / NT / DMPC:CHAPS Bicelle

機能・相同性

機能・相同性情報

neuropeptide receptor binding / neuropeptide hormone activity / neuropeptide signaling pathway / axon terminus /

小胞 / blood vessel diameter maintenance / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / G alpha (q) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Mukhopadhyay, C. / Khatun, U.

引用

ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2012
タイトル: Modulation of the neurotensin solution structure in the presence of ganglioside GM1 bicelle.
著者: Khatun, U.L. / Goswami, S.K. / Mukhopadhyay, C.

履歴

登録	2011年12月27日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lnf.cif.gz	167.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lnf.ent.gz	119.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/2lnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/2lnf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2lneC 2lngC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lx4-d 1j8z-d 5tbq-d 7jrh-d 5mlw-2 2n9r-d 5kx2-d 2fq8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18163

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurotensin

1.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	40 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Neurotensin / ニューロテンシン / NT 分子量: 1693.964 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 151-163 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30990

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D 1H-1H TOCSY, 2D 1H-1H ROESY,2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 4.5 mM Neurotensin-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 4.5 mM / 構成要素: Neurotensin-1
試料状態	イオン強度: 4.5 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR NIH	NIH,T.D.Goddard, D.G.Kneller	精密化
Sparky		精密化
X-PLOR NIH	NIH,T.D.Goddard, D.G.Kneller	chemical shift assignment
Sparky		chemical shift assignment
X-PLOR NIH	NIH,T.D.Goddard, D.G.Kneller	データ解析
Sparky		データ解析

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40 / 代表コンフォーマー: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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