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万見
- PDB-2li6: 1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments for yeast protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2li6
タイトル1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments for yeast protein
要素SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Ligand binding (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of mating type switching / HDACs deacetylate histones / SWI/SNF complex / DNA-templated DNA replication / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of mating type switching / HDACs deacetylate histones / SWI/SNF complex / DNA-templated DNA replication / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
ARID DNA-binding domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Wang, T. / Zhang, J. / Tu, X.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Solution structure of SWI1 ARID domain from Saccharomyces cerevisiae and its non-specific binding to DNA
著者: Wang, T. / Zhang, J. / Zhang, X. / Tu, X.
履歴
登録2011年8月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8191
ポリマ－13,8191
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / Regulatory protein GAM3 / SWI/SNF complex subunit SWI1 / Transcription regulatory protein ADR6 / ...Regulatory protein GAM3 / SWI/SNF complex subunit SWI1 / Transcription regulatory protein ADR6 / Transcription regulatory protein SWI1


分子量: 13818.961 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 390-505 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ADR6, GAM3, SWI1, YPL016W, LPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09547

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D H(CCO)NH
1513D HBHA(CO)NH
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D C(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 100 mM sodium chloride-1, 2 mM sodium phosphate-2, 1.5 mM EDTA-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
100 mMsodium chloride-11
2 mMsodium phosphate-21
1.5 mMEDTA-31
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SparkyGoddard精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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