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万見
- PDB-2lh9: NMR structure of the first lotus domain of tudor domain-containin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lh9
タイトルNMR structure of the first lotus domain of tudor domain-containing protein 7
要素Tudor domain-containing protein 7
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA binding domain / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / RNA granule component
機能・相同性
機能・相同性情報


P granule organization / ribonucleoprotein granule / piRNA processing / lens morphogenesis in camera-type eye / chromatoid body / lens fiber cell differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / germ cell development / 精子形成 ...P granule organization / ribonucleoprotein granule / piRNA processing / lens morphogenesis in camera-type eye / chromatoid body / lens fiber cell differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / germ cell development / 精子形成 / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / TDRD7, third LOTUS domain / LOTUS domain-like / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / Tudor domain / Tudor domain profile. ...: / : / TDRD7, third LOTUS domain / LOTUS domain-like / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SNase-like, OB-fold superfamily / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tudor domain-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cui, G. / Botuyan, M. / Mer, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of Tudor domain-containing protein 7
著者: Cui, G. / Botuyan, M. / Mer, G.
履歴
登録2011年8月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tudor domain-containing protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6811
ポリマ－8,6811
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tudor domain-containing protein 7 / PCTAIRE2-binding protein / Tudor repeat associator with PCTAIRE 2 / Trap


分子量: 8681.102 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tdrd7, Pctaire2bp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q8K1H1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1322D 1H-13C HSQC
1422D 1H-13C HSQC aromatic
1523D HN(CA)CB
1623D CBCA(CO)NH
1723D HNCO
1823D HN(CA)CO
1923D HBHA(CO)NH
11023D CCH-TOCSY
11123D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY aliphatic
11323D 1H-13C NOESY aromatic
11422D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM sodium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMentity-1[U-100% 15N]1
50 mMsodium acetate-21
1.5 mMentity-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium acetate-42
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
SANEDuggan, Legge, Dyson & Wrightchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientific解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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