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- PDB-2l9r: Solution NMR Structure of Homeobox domain of Homeobox protein Nkx... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l9r
タイトルSolution NMR Structure of Homeobox domain of Homeobox protein Nkx-3.1 from homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR6470A
要素Homeobox protein Nkx-3.1ホメオボックス
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / transcription factor (転写因子) / Methods Development
機能・相同性
機能・相同性情報


: / MADS box domain binding / positive regulation of androgen secretion / regulation of cell cycle => GO:0051726 / salivary gland development / : / dorsal aorta development / : / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / : ...: / MADS box domain binding / positive regulation of androgen secretion / regulation of cell cycle => GO:0051726 / salivary gland development / : / dorsal aorta development / : / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / : / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / multicellular organism development / chromatin => GO:0000785 / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / branching involved in prostate gland morphogenesis / pharyngeal system development / metanephros development / cellular response to steroid hormone stimulus / branching morphogenesis of an epithelial tube / response to testosterone / nuclear estrogen receptor activity / androgen receptor signaling pathway / site of DNA damage / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / transcription factor binding / positive regulation of cell division / negative regulation of mitotic cell cycle / cellular response to interleukin-1 / somitogenesis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of apoptotic signaling pathway / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / histone deacetylase binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / nuclear receptor activity / : / regulation of protein localization / negative regulation of epithelial cell proliferation / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to tumor necrosis factor / heart development / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / 細胞分化 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein Nkx-3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, G. / Xiao, R. / Lee, H.-W. / Hamilton, K. / Ciccosanti, C. / Wang, H.B. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Homeobox domain of Homeobox protein Nkx-3.1 from homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR6470A
著者: Liu, G. / Xiao, R. / Lee, H.-W. / Hamilton, K. / Ciccosanti, C. / Wang, H.B. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein Nkx-3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3711
ポリマ－8,3711
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein Nkx-3.1 / ホメオボックス / Homeobox protein NK-3 homolog A


分子量: 8370.620 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding Homeobox residues 132-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NKX3-1, NKX3.1, NKX3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99801

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-13C arom NOESY
1713D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR6470A, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.65 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR6470A, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.69 mMHR6470A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.65 mMHR6470A-2[U-5% 13C; U-100% 15N]2
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
精密化手法: distance geometry, torsion angle dynamics, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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