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万見
- PDB-2l72: Solution structure and dynamics of ADF from Toxoplasma gondii (TgADF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l72
タイトルSolution structure and dynamics of ADF from Toxoplasma gondii (TgADF)
要素Actin depolymerizing factor, putativeDestrin
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / ADF/cofilin (コフィリン) / TgADF / Actin binding (アクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament depolymerization / マイクロフィラメント / actin binding
類似検索 - 分子機能
コフィリン / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin depolymerizing factor
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法溶液NMR / CNS Water Refinement
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Pathak, P.P. / Shukla, V.K. / Yadav, R. / Jain, A. / Srivastava, S. / Tripathi, S. / Pulavarti, S.V.S.R.K. / Arora, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Solution structure and dynamics of ADF from Toxoplasma gondii
著者: Yadav, R. / Pathak, P.P. / Shukla, V.K. / Jain, A. / Srivastava, S. / Tripathi, S. / Pulavarti, S.V.S.R.K. / Mehta, S. / Sibley, L.D. / Arora, A.
履歴
登録2010年12月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin depolymerizing factor, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5001
ポリマ－15,5001
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Actin depolymerizing factor, putative / Destrin / TgADF


分子量: 15499.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9Q2C8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C(aliphatic) NOESY
1333D 1H-13C(aromatic) NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120mM sodium phosphate; 50mM sodium chloride; 0.1% sodium azide; 1mM DTT; 1mM AEBSF protease inhibitor; 0.8mM [U-100% 15N] TgADF; 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
220mM sodium phosphate; 50mM sodium chloride; 0.1% sodium azide; 1mM DTT; 1mM AEBSF protease inhibitor; 0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TgADF; 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
320mM sodium phosphate; 50mM sodium chloride; 0.1% sodium azide; 1mM DTT; 1mM AEBSF protease inhibitor; 0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TgADF; 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphate-11
50 mMsodium chloride-21
0.1 %sodium azide-31
1 mMDTT-41
1 mMAEBSF protease inhibitor-51
0.8 mMTgADF-6[U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-72
50 mMsodium chloride-82
0.1 %sodium azide-92
1 mMDTT-102
1 mMAEBSF protease inhibitor-112
0.8 mMTgADF-12[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-133
50 mMsodium chloride-143
0.1 %sodium azide-153
1 mMDTT-163
1 mMAEBSF protease inhibitor-173
0.8 mMTgADF-18[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: CNS Water Refinement / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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