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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2l5c | ||||||
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タイトル | Solution structures of human PIWI-like 1 PAZ domain | ||||||
要素 | Piwi-like protein 1 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / PIWI / PAZ / piRNA / ssRNA (リボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / piRNA binding / : / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ ...primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / piRNA binding / : / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / P granule / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / regulation of translation / 精子形成 / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein kinase binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Zeng, L. / Zhang, Q. / Yan, K. / Zhou, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2011 タイトル: Structural insights into piRNA recognition by the human PIWI-like 1 PAZ domain. 著者: Zeng, L. / Zhang, Q. / Yan, K. / Zhou, M.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2l5c.cif.gz | 851.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2l5c.ent.gz | 708.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2l5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/2l5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/2l5c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15673.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 266-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIWIL1, HIWI / プラスミド: pGEX 4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96J94 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |