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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kog | ||||||
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タイトル | lipid-bound synaptobrevin solution NMR structure | ||||||
要素 | Vesicle-associated membrane protein 2Vesicle-associated membrane protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / synaptobrevin / VAMP2 / DPC micelle / SNARE / Coiled coil (コイルドコイル) / Membrane fusion / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Synaptic vesicle (シナプス小胞) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-Golgi Network Vesicle Budding / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle ...trans-Golgi Network Vesicle Budding / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / zymogen granule membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / regulated exocytosis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / synaptic vesicle docking / storage vacuole / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / eosinophil degranulation / 小胞融合 / SNARE complex / Golgi to plasma membrane protein transport / SNAP receptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of vesicle-mediated transport / Clathrin-mediated endocytosis / hormone secretion / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of intracellular protein transport / regulation of exocytosis / neuron projection terminus / regulation of synaptic vesicle recycling / syntaxin-1 binding / SNARE complex assembly / syntaxin binding / クラスリン / myosin binding / synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / response to glucose / vesicle-mediated transport / SNARE binding / 分泌 / establishment of localization in cell / long-term synaptic potentiation / ゴルジ体 / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / cellular response to insulin stimulus / calcium-dependent protein binding / シナプス小胞 / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / vesicle / transmembrane transporter binding / membrane fusion / molecular adaptor activity / calmodulin binding / lipid binding / シナプス / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Ellena, J.F. / Liang, B. / Wiktor, M. / Stein, A. / Cafiso, D.S. / Jahn, R. / Tamm, L.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Dynamic structure of lipid-bound synaptobrevin suggests a nucleation-propagation mechanism for trans-SNARE complex formation. 著者: Ellena, J.F. / Liang, B. / Wiktor, M. / Stein, A. / Cafiso, D.S. / Jahn, R. / Tamm, L.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kog.cif.gz | 709.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kog.ent.gz | 597.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kog.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/2kog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/2kog | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12986.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vamp2, Syb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63045 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: full-length rat synaptobrevin structure in DPC micelles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] synaptobrevin-1, 200 mM DPC-2, 20 mM MES-3, 150 mM NaCl-4, 5 mM DTT-5, 1 mM EDTA-6, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 150 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 318 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |