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- PDB-2km4: Solution structure of Rtt103 CTD interacting domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2km4
タイトルSolution structure of Rtt103 CTD interacting domain
要素Regulator of Ty1 transposition protein 103
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / CTD-interacting domain / RNA polymerase II binding protein / phosphoprotein / transcription termination / DNA-binding / Nucleus (Nucleus) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / retrotransposon silencing / mRNA 3'-end processing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II complex binding / site of double-strand break / クロマチン / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
: / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of Ty1 transposition protein 103
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Lunde, B.M. / Reichow, S. / Kim, M. / Leeper, T.C. / Becker, R. / Buratowski, S. / Meinhart, A. / Varani, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Cooperative interaction of transcription termination factors with the RNA polymerase II C-terminal domain.
著者: Lunde, B.M. / Reichow, S.L. / Kim, M. / Suh, H. / Leeper, T.C. / Yang, F. / Mutschler, H. / Buratowski, S. / Meinhart, A. / Varani, G.
履歴
登録2009年7月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of Ty1 transposition protein 103


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5691
ポリマ－16,5691
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Regulator of Ty1 transposition protein 103


分子量: 16569.100 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-131 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RTT103, YDR289C / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q05543

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-13C NOESY
1413D HNCO
1513D CBCA(CO)NH
1612D 1H-13C HSQC
1722D 1H-1H NOESY
1813D HN(CA)CB
1913D (H)CCH-TOCSY
11022D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Rtt103-1, 100 mM potassium chloride-2, 35 mM potassium phosphate-3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5-1 mM Rtt103-4, 100 mM potassium chloride-5, 35 mM potassium phosphate-6, 100 % D2O-7, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMRtt103-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.5-11
100 mMpotassium chloride-21
35 mMpotassium phosphate-31
mMRtt103-40.5-12
100 mMpotassium chloride-52
35 mMpotassium phosphate-62
100 %D2O-72
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Bruker DMXBrukerDMX6003
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software名称: CYANA / バージョン: 2.1 / 開発者: Guntert, Mumenthaler and Wuthrich / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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