PDB-2kbl: NMR Structure of a Monomeric Folding Intermediate Reveals the Str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kbl

タイトル

NMR Structure of a Monomeric Folding Intermediate Reveals the Structural Basis for Rapid Assembly of an Evolutionary Optimized Trimerization Module

要素

Fibritin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / FOLDING INTERMEDIATE / MONOMER OF FOLDON / FIBRITIN / TRIMER /

PROTEIN ASSEMBLY (タンパク質) /

PROTEIN-PROTEIN INTERACTION (タンパク質間相互作用) / ELECTROSTATIC INTERACTION /

COILED COIL (コイルドコイル)

機能・相同性

Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region /

virion component / Fibritin

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing, simulated annealing with explicit solvent

データ登録者

Habazettl, J. / Reiner, A. / Kiefhaber, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: NMR Structure of a Monomeric Intermediate on the Evolutionarily Optimized Assembly Pathway of a Small Trimerization Domain
著者: Habazettl, J. / Reiner, A. / Kiefhaber, T.

履歴

登録	2008年12月2日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kbl.cif.gz	93.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kbl.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/2kbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/2kbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aa0 1rfo 1u0p
類似構造データ	1xf7-d 2nlh-3 2nlh-2 2nlq-3 2nlq-1 2nld-1 2nlp-3 2nlh-4 2nls-d 6pv0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16090

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (3) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fibritin

3.26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Fibritin / Whisker antigen control protein / Collar protein 分子量: 3256.671 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domain, UNP residues 458-484 / 変異: E5R, F22L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: wac / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10104
配列の詳細	WITH REF. 3 OR REF. 4 OF WAC_BPT4 THE SEQUENCE WAS CHANGED SO THIS LEU BECAME PHE.

#1: タンパク質・ペプチド

Fibritin / Whisker antigen control protein / Collar protein

分子量: 3256.671 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domain, UNP residues 458-484 / 変異: E5R, F22L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: wac / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10104

配列の詳細

WITH REF. 3 OR REF. 4 OF WAC_BPT4 THE SEQUENCE WAS CHANGED SO THIS LEU BECAME PHE.

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	2	2D 1H-15N HSQC
1	4	2	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	200uM foldon E5R, 95% H2O/5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	210uM [U-99% 15N] foldon E5R, 95% H2O/5% D2O	95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
200 uM	foldon E5R		1
210 uM	foldon E5R	[U-99% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 10 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296.7 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR		Bruker	データ解析
Sparky		Goddard	データ解析
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	データ解析
X-PLOR NIH		Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation
CNS	1		精密化

精密化

手法:

simulated annealing, simulated annealing with explicit solvent
ソフトェア番号: 1 / 詳細: TIP3P water model

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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