PDB-2kam: NMR structure of delta-toxin from Staphylococcus aureus in CD3OH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kam

タイトル

NMR structure of delta-toxin from Staphylococcus aureus in CD3OH

要素

Delta-hemolysin

キーワード

TOXIN (毒素) /

Cytolytic /

Cytolysis /

Formylation /

Hemolysis (溶血) /

Membrane (生体膜) /

Secreted (分泌) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質)

機能・相同性

Delta-hemolysin / Delta lysin family / hemolysis by symbiont of host erythrocytes /

toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region /

生体膜 / Delta-hemolysin

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Loureiro-Ferreira, N. / Rodrigues, J. / Brito, R.M.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of delta-toxin in membrane-mimetic environments
著者: Loureiro-Ferreira, N. / Rodrigues, J. / Birkbeck, T.H. / Brito, R.M.M.

履歴

登録	2008年11月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kam.cif.gz	172.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kam.ent.gz	148.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/2kam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/2kam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dhl 1dtc 2dhl 2dtb 3dhl
類似構造データ	2ag3-d 4dac-1 1amc-d 6phi-d 4p6k-d 4dac-3 6phk-d 3m48-d 6cfh-d 2rri-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Delta-hemolysin

3.01 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Delta-hemolysin / Delta-lysin / Delta-toxin 分子量: 3010.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 10345 / 参照: UniProt: P0C1V1

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure of delta-toxin determined in CD3OH. A combination of NOE distance restraints and coupling constants were used.

-
試料調製

詳細	内容: 3 mM delta-toxin, methanol / 溶媒系: methanol
試料	濃度: 3 mM / 構成要素: delta-toxin
試料状態	pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Felix	95	Accelrys Software Inc.	chemical shift assignment
Felix	95	Accelrys Software Inc.	peak picking
Felix	95	Accelrys Software Inc.	データ解析
Felix	95	Accelrys Software Inc.	解析
VNMR	6.1B	Varian	collection
VNMR	6.1B	Varian	解析
X-PLOR NIH	2.16.0	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	2.16.0		精密化
ProcheckNMR	3.5.4	Laskowski and MacArthur	データ解析
Insight II	95	Accelrys Software Inc.	fme residue modelling

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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