PDB-2k6x: Autoregulation of a Group 1 Bacterial Sigma Factor Involves the F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k6x

タイトル

Autoregulation of a Group 1 Bacterial Sigma Factor Involves the Formation of a Region 1.1- Induced Compacted Structure

要素

RNA polymerase sigma factor rpoD

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / sigma 1.1 / DNA-binding /

Sigma factor (シグマ因子) /

Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation /

DNA binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

データ登録者

Schwartz, E.C. / Shekhtman, A. / Dutta, K. / Pratt, M.R. / Cowburn, D. / Darst, S. / Muir, T.W.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Autoregulation of a Group 1 Bacterial Sigma Factor Involves the Formation of a Region 1.1 - Induced Compacted Structure
著者: Schwartz, E.C. / Shekhtman, A. / Dutta, K. / Pratt, M.R. / Cowburn, D. / Darst, S. / Muir, T.W.

履歴

登録	2008年7月28日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k6x.cif.gz	448.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k6x.ent.gz	376.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/2k6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/2k6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3iwf-2 1vmp-d 1a6x-d 1x4l-d 2dkz-d 4crh-d 1yez-d 5c3t-d 2kq6-d 2rlt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (15)

登録構造単位

A: RNA polymerase sigma factor rpoD

8.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 512	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	RNA polymerase sigma factor rpoD / Sigma-A 分子量: 8336.333 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-96 / 変異: S96G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: rpoD, sigA, TM_1451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77994

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D HNCO
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D H(CCO)NH
1	7	1	3D HBHA(CO)NH
1	8	1	3D C(CO)NH
1	9	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 300-800 uM [U-100% 15N] sigma1.1, 300-800 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] sigma1.1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
300 uM	sigma1.1_1	[U-100% 15N]	1
300 uM	sigma1.1_2	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1

試料状態

イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software	名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化	手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Used Aria2.1, Intensities were converted into distance restraints using the symmetry ambiguous distance restraints (ADR) protocol
NMR constraints	Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 53
代表構造	選択基準: fewest violations
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 512 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å
NMR ensemble rms	Distance rms dev: 0 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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