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万見
- PDB-2k0a: 1H, 15N and 13C chemical shift assignments for Rds3 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0a
タイトル1H, 15N and 13C chemical shift assignments for Rds3 protein
要素Pre-mRNA-splicing factor RDS3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zinc finger (ジンクフィンガー) / topological knot / mRNA processing (転写後修飾) / mRNA splicing / Nucleus (Nucleus) / Spliceosome (スプライセオソーム) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / response to xenobiotic stimulus / 細胞核
類似検索 - 分子機能
PHF5-like / PHF5-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor RDS3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Loening, N. / van Roon, A. / Yang, J. / Nagai, K. / Neuhaus, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the U2 snRNP protein Rds3p reveals a knotted zinc-finger motif.
著者: van Roon, A.M. / Loening, N.M. / Obayashi, E. / Yang, J.C. / Newman, A.J. / Hernandez, H. / Nagai, K. / Neuhaus, D.
履歴
登録2008年1月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5504
ポリマ－12,3541
非ポリマー1963
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Regulator of drug sensitivity 3


分子量: 12353.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: Protein was expressed as an N-terminal Glutathione-S-transferase fusion protein
遺伝子: RDS3 / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q06835
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 15N T1
1312D 15N T2
1412D 15N NOE
1522D 1H-15N HSQC
1622D 1H-13C HSQC full width
1722D 1H-13C HSQC aromatic
1822D 1H-13C HSQC aliphatic
1922D 1H-1H NOESY
11022D 1H-1H NOESY filtered (15N coupled 1H removed from F2)
11123D HN(CA)CB
11223D CBCA(CO)NH
11323D HNCO
11423D HNHAHB
11523D HBHA(CO)NH
11623D (H)CCH-TOCSY
11723D (H)CCH-TOCSY
11813D HNHB
11923D 1H-15N NOESY
12023D 1H-13C NOESY
12123D HACAHB-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1350 uM [U-98% 15N] Rds3p, 20 mM [U-99% 2H] Tris buffer, 200 mM sodium chloride, 1 mM [U-99% 2H] DTT, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
2700 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] Rds3p, 20 mM [U-99% 2H] Tris buffer, 200 mM sodium chloride, 1 mM [U-99% 2H] DTT, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
350 uMRds3p[U-98% 15N]1
20 mMTris buffer[U-99% 2H]1
200 mMsodium chloride1
1 mMDTT[U-99% 2H]1
700 uMRds3p[U-98% 13C; U-98% 15N]2
20 mMTris buffer[U-99% 2H]2
200 mMsodium chloride2
1 mMDTT[U-99% 2H]2
試料状態イオン強度: 200 / pH: 7.0 / 圧: ambient atm / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
CCPN_analysis1.0.15CCPNデータ解析
ARIA1.1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Aria 1.1.2 (modified to allow use of zinc ions), CNS 1.1, Aria 1.1.2 (modified to allow use of zinc ions), CNS 1.1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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