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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jzx | ||||||
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タイトル | PCBP2 KH1-KH2 domains | ||||||
要素 | Poly(rC)-binding protein 2 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / PCBP2 / KH domains (KHドメイン) / RNA binding (リボ核酸) / DNA-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / RNA-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 C-rich single-stranded DNA binding / mRNA metabolic process / regulation of RNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / IRES-dependent viral translational initiation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses ...C-rich single-stranded DNA binding / mRNA metabolic process / regulation of RNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / IRES-dependent viral translational initiation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / single-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / viral RNA genome replication / focal adhesion / 自然免疫系 / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Du, Z. / Fenn, S. / Tjhen, R. / James, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of the first and second KH domains of human poly-C binding protein-2 reveals insights into its regulatory mechanisms 著者: Du, Z. / Fenn, S. / Tjhen, R. / James, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jzx.cif.gz | 573.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jzx.ent.gz | 479.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jzx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/2jzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/2jzx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17057.984 Da / 分子数: 1 / 断片: KH1-KH2 domains (UNP residues 11-169) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15366 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-100% 15N] PCBP2 KH1-KH2, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DTT, 0.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 60% 2H] PMSF, 50 mM sodium acetate, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 100 / pH: 5.4 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12 |