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万見
- PDB-2jzt: Solution NMR structure of Q8ZP25_SALTY from Salmonella typhimuriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jzt
タイトルSolution NMR structure of Q8ZP25_SALTY from Salmonella typhimurium. Northeast Structural Genomics Consortium target StR70
要素Putative thiol-disulfide isomerase and thioredoxin
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / NESG / StR70 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Putative [NiFe] hydrogenase assembly / Chaperone / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性[NiFe]-hydrogenase maturation factor HyaE / Hydrogenase-1 expression protein HyaE / isomerase activity / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Parish, D. / Liu, G. / Shen, Y. / Ho, C. / Cunningham, K. / Xiao, R. / Swapna, G.V.T. / Acton, T. / Bansal, S. / Prestegard, J.H. ...Parish, D. / Liu, G. / Shen, Y. / Ho, C. / Cunningham, K. / Xiao, R. / Swapna, G.V.T. / Acton, T. / Bansal, S. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2008
タイトル: Protein chaperones Q8ZP25_SALTY from Salmonella typhimurium and HYAE_ECOLI from Escherichia coli exhibit thioredoxin-like structures despite lack of canonical thioredoxin active site sequence motif.
著者: Parish, D. / Benach, J. / Liu, G. / Singarapu, K.K. / Xiao, R. / Acton, T. / Su, M. / Bansal, S. / Prestegard, J.H. / Hunt, J. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2008年1月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thiol-disulfide isomerase and thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1461
ポリマ－16,1461
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative thiol-disulfide isomerase and thioredoxin


分子量: 16146.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
生物種: Salmonella typhimuriumSalmonella enterica subsp. enterica
株: LT2 / SGSC1412 / 遺伝子: STM1790 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8ZP25

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111GFT (4,3)D HNNCABCA
121GFT(4,3)D CABA(CO)NHN
131GFT(4,3)D HABCAB(CO)NHN
141GFT(4,3)D (H)CCH COSY
151Sim 13C,15N-Resolved NOESY
1612D 1H-15N HSQC
1712D 1H-13C HSQC
1822D 1H-13C HSQC
1932D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.0 mM 5% 13C; 100% 15N protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 15.5 mg/mL phage, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMprotein5% 13C; 100% 15N2
1 mMprotein[U-5% 13C; U-100% 15N]3
15.5 mg/mLphage3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrichデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
VNMR6.1CVariancollection
XEASY1.3Bartels et al.peak picking
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Constrained simulated annealing torsion angle molecular dynamics refinement using xplor, and rdcs refinement using cns and water bath
NMR constraintsNOE constraints total: 1541 / NOE intraresidue total count: 397 / NOE long range total count: 510 / NOE medium range total count: 206 / NOE sequential total count: 428 / Hydrogen bond constraints total count: 10 / Protein chi angle constraints total count: 446 / Protein other angle constraints total count: 528 / Protein phi angle constraints total count: 41 / Protein psi angle constraints total count: 41
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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