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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jqz | ||||||
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タイトル | Solution Structure of the C2 domain of human Smurf2 | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase SMURF2 | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / C2 domain (C2ドメイン) / Smurf2 / Ubiquitin protein ligase (ユビキチン) / Phospholipid binding (リン脂質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of trophoblast cell migration / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Signaling by BMP / HECT-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / SMAD binding / negative regulation of BMP signaling pathway / ubiquitin ligase complex / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Asymmetric localization of PCP proteins ...positive regulation of trophoblast cell migration / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Signaling by BMP / HECT-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / SMAD binding / negative regulation of BMP signaling pathway / ubiquitin ligase complex / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / 脂質ラフト / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Wiesner, S. / Ogunjimi, A.A. / Wang, H. / Rotin, D. / Sicheri, F. / Wrana, J.L. / Forman-Kay, J.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007 タイトル: Autoinhibition of the HECT-Type Ubiquitin Ligase Smurf2 through Its C2 Domain 著者: Wiesner, S. / Ogunjimi, A.A. / Wang, H.-R. / Rotin, D. / Sicheri, F. / Wrana, J.L. / Forman-Kay, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jqz.cif.gz | 889.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jqz.ent.gz | 753.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jqz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/2jqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/2jqz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14701.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMURF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus 参照: UniProt: Q9HAU4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.2 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |