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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jjh | ||||||
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タイトル | E243 mutant of M. tuberculosis Rv3290C | ||||||
要素 | L-LYSINE EPSILON AMINOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / RV3290C / E243A MUTANT / M. TUBERCULOSIS (結核菌) / LYSINE EPSILON AMINOTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE (アミノ基転移酵素) / PYRIDOXAL PHOSPHATE (ピリドキサールリン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-lysine 6-transaminase / L-lysine 6-transaminase activity / 4-aminobutyrate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Tripathi, S.M. / Ramachandran, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015 タイトル: Mutational Analysis of Mycobacterium Tuberculosis Lysine Epsilon-Aminotransferase and Inhibitor Co-Crystal Structures, Reveals Distinct Binding Modes. 著者: Tripathi, S.M. / Agarwal, A. / Ramachandran, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jjh.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jjh.ent.gz | 74.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jjh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jjh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49010.934 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P63509, UniProt: P9WQ77*PLUS, L-lysine 6-transaminase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→21.44 Å / Num. obs: 16720 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 2.7→89.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 8.172 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.525 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY IS E243A MUTANT OF PDB 2CIN
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.266 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→89.09 Å
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拘束条件 |
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